Logiciel médical : mon comparatif des logiciels pour médecins

Le logiciel médical est l'outil central du cabinet : c'est là que vous tenez le dossier de vos patients, rédigez vos ordonnances, télétransmettez vos feuilles de soins et alimentez Mon espace santé. En changer est un projet lourd, et le choisir engage aussi une partie de votre rémunération, puisque la dotation numérique de l'Assurance maladie dépend de ses certifications.

Voici mon comparatif des logiciels médicaux pour médecins libéraux, généralistes et spécialistes, avec les prix publics relevés chez les éditeurs, et les règles qui ont changé en 2026 : fin du forfait structure, vague 2 du Ségur, hébergement des données de santé dans l'Union européenne.

Kinésithérapeute ? Voyez mon comparatif des logiciels kiné.

Infirmière libérale ? Voyez mon comparatif des logiciels infirmiers.

Qu'est-ce qu'un logiciel médical ?

On parle aussi de logiciel de gestion de cabinet (LGC) ou de logiciel métier. Il réunit le dossier médical informatisé de chaque patient et les outils administratifs du cabinet : prescription, facturation, télétransmission, échanges avec les confrères et avec l'Assurance maladie. Il se distingue d'un simple logiciel de prise de rendez-vous médicaux, qui gère l'agenda sans le dossier patient ; beaucoup d'éditeurs proposent les deux, séparément ou ensemble.

Les fonctionnalités d'un logiciel médical

• Le dossier patient : antécédents, allergies, traitements, comptes rendus, courriers, résultats d'examens, avec des modèles de consultation adaptés à votre spécialité.
• La prescription : ordonnances sécurisées par une base de médicaments (Vidal, Claude Bernard, Thériaque selon les éditeurs), alertes d'interactions et de contre-indications, ordonnance numérique.
• La facturation et la télétransmission : feuilles de soins électroniques avec la carte Vitale ou l'application carte Vitale, retours de paiement, suivi des impayés.
• Les échanges de santé : alimentation du dossier médical partagé (DMP) de Mon espace santé, messagerie sécurisée de santé, téléservices de l'Assurance maladie.
• L'organisation du cabinet : agenda, gestion des remplaçants et des secrétaires, statistiques d'activité, parfois téléconsultation.

Les avantages d'un bon logiciel médical

• Une prescription plus sûre, grâce aux alertes d'interactions médicamenteuses et aux bases de médicaments à jour.
• Une facturation sans rejets : la télétransmission et le suivi des retours limitent les impayés et les erreurs de cotation.
• Du temps gagné sur les courriers, les certificats et les renouvellements, grâce aux modèles et à la dictée.
• Une rémunération complémentaire : un logiciel à jour de ses certifications est la condition de la dotation numérique.
• Un dossier accessible partout avec un logiciel en ligne : au cabinet, en visite, en remplacement.

Logiciel en ligne ou installé au cabinet ?

Deux familles coexistent. Les logiciels en ligne (Weda, Doctolib Médecin, MLM, Maiia, Libellia, TAMM, Odaiji) s'utilisent depuis un navigateur : pas d'installation, des mises à jour automatiques, un accès depuis n'importe quel poste, mais une dépendance à la connexion internet et un hébergeur de données de santé à vérifier. Les logiciels installés (Crossway, AlmaPro, DrSanté) fonctionnent sur les ordinateurs du cabinet, même sans connexion, mais les sauvegardes et la sécurité reposent davantage sur vous. Plusieurs éditeurs proposent les deux, comme HelloDoc et AxiSanté, ou une option d'hébergement en ligne, comme DrSanté et AlmaPro. Les utilisateurs de Mac ont un choix plus restreint : MediStory, sur Mac et iPad, Médimust et Medilink, sur PC et Mac, ou n'importe quel logiciel en ligne.

Ce que votre logiciel médical doit respecter en 2026

Un logiciel médical n'est pas un outil de gestion comme un autre : il conditionne une partie de votre rémunération, votre facturation à l'Assurance maladie, et la protection de données parmi les plus sensibles qui soient. Plusieurs règles ont changé récemment, et les comparatifs en parlent peu.

La dotation numérique a remplacé le forfait structure

Le forfait structure a pris fin au 31 décembre 2025. Depuis le 1er janvier 2026, la dotation numérique (Donum) le remplace. Selon l'Assurance maladie, « la valeur du point est fixée à 7 €. Si tous les indicateurs (socles et optionnels) sont atteints, la rémunération atteindra 2 940 € par an ». Son premier indicateur socle porte directement sur votre logiciel : il faut « disposer d'un logiciel référencé Ségur (dernière version référencée) avec logiciel d'aide à la prescription (LAP) certifié HAS et de la version du cahier des charges SESAM-Vitale la plus à jour ». Avant de signer, demandez donc à l'éditeur ces trois garanties par écrit.

Le Ségur du numérique : la vague 2 est financée jusqu'à mi-2027

Les logiciels référencés Ségur garantissent l'usage de l'identité nationale de santé (INS), l'envoi des documents vers le dossier médical partagé (DMP) de Mon espace santé, la messagerie sécurisée de santé et l'ordonnance numérique. La mise à jour vers la version dite « vague 2 » est prise en charge par l'État : selon l'Assurance maladie, « pour bénéficier de la prise en charge à 100 % par l'Etat de cette mise à jour, il est nécessaire de passer commande avant la mi-juillet 2027 ». Et un médecin qui n'a jamais eu la version précédente peut commander directement la vague 2 auprès d'un éditeur qui la propose. La liste des éditeurs référencés est publiée sur le site esante.gouv.fr.

Les obligations que le logiciel vous aide à tenir

• Le DMP et la messagerie sécurisée : le Code de la santé publique (article L. 1111-15) impose à chaque professionnel de santé de reporter dans le DMP, « à l'occasion de chaque acte ou consultation, les éléments diagnostiques et thérapeutiques nécessaires à la coordination des soins », et d'envoyer ces documents au médecin traitant par messagerie sécurisée.
• L'identité nationale de santé : l'identification des patients pour le partage des données ne peut se faire que par l'INS depuis le 1er mars 2022 (article R. 1111-8-1).
• L'ordonnance numérique : la loi l'impose depuis le 22 décembre 2023 (article L. 4071-1), avec des exceptions notamment « en l'absence d'environnement informatique adéquat ou de connexion internet suffisante ». En pratique, son déploiement se poursuit : l'Assurance maladie indique « plus de 70 % de médecins équipés d'un logiciel compatible » (données de juin 2026).
• La télétransmission : pour facturer en feuilles de soins électroniques, « le logiciel devra être agréé par le Centre national de dépôt et d'agrément (CNDA) », avec l'homologation du GIE SESAM-Vitale.

L'aide à la prescription certifiée HAS : volontaire, mais indispensable

La certification des logiciels d'aide à la prescription n'est pas une obligation légale : selon le Code de la sécurité sociale (article L. 161-38), ces certifications « peuvent être demandées par les éditeurs ». La HAS établit le référentiel mais précise qu'« elle ne délivre pas la certification », confiée à un organisme accrédité. Comme la dotation numérique l'exige, un logiciel sans aide à la prescription certifiée vous prive pourtant de cette rémunération.

Hébergement des données : dans l'Union européenne depuis le 26 septembre 2026

Si votre logiciel est en ligne, ou si vos sauvegardes sont externalisées, l'hébergeur de vos données doit être certifié HDS (hébergeur de données de santé). Le Code de la santé publique vous en rend responsable : les responsables de traitement qui confient l'hébergement à un tiers « s'assurent que celui-ci est titulaire du certificat de conformité » (article R. 1111-8-8). Un décret du 24 mars 2026 a durci la règle : l'hébergement est désormais mis en œuvre « exclusivement sur le territoire d'un Etat membre de l'Union européenne ou partie à l'accord sur l'Espace économique européen », avec une entrée en vigueur au 26 septembre 2026, et l'hébergeur doit rendre publique la cartographie de ses transferts de données hors de l'Union. Demandez à l'éditeur qui héberge vos données, où, et sous quel certificat.

Conservation des dossiers et sauvegardes

Pour un médecin libéral, aucune durée légale n'est fixée : « en l'absence de dispositions spécifiques », l'Ordre des médecins recommande de s'aligner sur les établissements de santé, soit vingt ans après la dernière consultation. Le référentiel de la CNIL pour les cabinets retient la même durée, et demande d'« exiger une authentification forte via leur carte de professionnel de santé (CPS) ou tout moyen alternatif à deux facteurs ». Côté sécurité, le CERT Santé rappelle que la gestion des sauvegardes « revêt ainsi un caractère particulièrement critique en cas de chiffrement des données par un rançongiciel » ; la CNIL recommande de « stocker au moins une sauvegarde sur un site géographiquement distinct du site d'exploitation » et de tester régulièrement la restauration. Vérifiez qu'une migration de logiciel vous permet de récupérer tout l'historique de vos patients.

Les logiciels médicaux comparés

Les logiciels en ligne

Weda, filiale du groupe VIDAL depuis 2019, est un logiciel 100 % en ligne, avec une aide à la prescription certifiée par la HAS ; l'éditeur revendique plus de 23 000 utilisateurs professionnels de santé et se dit certifié « e-santé V2 Avancé, hébergé HDS en France ». Doctolib Médecin, le logiciel médical du leader de la prise de rendez-vous, est référencé Ségur vague 1 et fait partie des rares à publier ses prix. Cegedim Santé propose deux logiciels en ligne : MLM, « 100% digitale », et Maiia Médecin, hébergé en France par cegedim.cloud, certifié HDS. CompuGroup Medical lance Libellia, « le logiciel médical 100 % web pour les médecins généralistes ». TAMM, édité par OpenXtrem, filiale de Softway Medical, est en ligne, référencé Ségur et hébergé par son groupe. Odaiji, plus récent et qui a rejoint MadeForMed, s'utilise « sans téléchargement, ni installation », avec un tarif unique et sans engagement.

Les logiciels installés

Crossway, de Cegedim Santé, est « une solution de gestion de cabinet historique installée en local ». AxiSanté et HelloDoc, tous deux de CompuGroup Medical, existent en version locale et en ligne ; HelloDoc s'appuie sur la base de médicaments Thériaque, AxiSanté sur VIDAL Expert. DrSanté, de l'éditeur bordelais Calimaps, est référencé Ségur, avec une option cloud hébergée HDS ; l'éditeur revendique 8 000 utilisateurs. Médimust, de Cegedim Santé, fonctionne sur PC et sur Mac, avec la base de médicaments Claude Bernard. éO Médecin, de l'éditeur EIG, est référencé Ségur.

Sur Mac, en maison de santé, en associatif

MediStory, de Prokov Editions, est « l'application du cabinet médical sur iPad et Mac », compatible Ségur vague 1 et en cours de référencement pour la vague 2 ; l'éditeur revendique plus de 15 000 utilisateurs. Medilink se présente comme « le logiciel unique pour mon exercice coordonné », sur Mac et Windows, orienté vers l'exercice coordonné, en maison de santé notamment. AlmaPro est un logiciel associatif créé en 2003 par des médecins : il faut adhérer à l'association ALMA pour l'utiliser.

Combien coûte un logiciel médical ?

Prix publics relevés le 28 septembre 2026, tels qu'affichés par les éditeurs :

• Doctolib Médecin : Essentiel à 229 €, Plus à 349 €, Intégral à 489 € TTC par praticien et par mois, avec un engagement de 12 mois, et des frais uniques d'installation de 499 à 2 000 € TTC.
• Odaiji : 120 € par mois, facturation et télétransmission incluses, plus 30 € par mois pour la base VIDAL, sans engagement.
• TAMM : à partir de 99 € par mois ; offre jeune médecin à 49 € par mois et par praticien.
• MediStory : 91 € par mois pour le dossier patient sur le premier appareil.
• Libellia : à partir de 89 € par mois, en offre de lancement pour les 500 premiers clients.
• AxiSanté et HelloDoc : à partir de 75 € par mois.
• DrSanté : 58 € TTC par mois et par utilisateur en paiement annuel (696 € par an), ou 64 € en mensuel.
• AlmaPro : adhésion à l'association à 400 € la première année, puis 300 € par an.

Weda, Crossway, MLM, Maiia, Médimust, éO et Medilink ne publient pas de prix exploitable. Comparez à périmètre égal : base de médicaments, télétransmission, agenda, secrétariat et installation ne sont pas toujours inclus.

Existe-t-il un logiciel médical gratuit ?

Pas vraiment. Aucun logiciel médical complet, référencé Ségur et agréé pour la télétransmission, n'est gratuit : ces agréments et les bases de médicaments ont un coût que l'éditeur répercute. Les solutions les moins chères sont l'associatif AlmaPro (300 € par an après la première année) et DrSanté, et plusieurs éditeurs proposent un essai gratuit, comme Odaiji ou DrSanté. Méfiez-vous des outils gratuits non conçus pour la santé : ils ne garantissent ni l'hébergement HDS, ni la télétransmission, ni l'aide à la prescription certifiée.

Changer de logiciel médical : la migration

1. Vérifiez la reprise de données : l'historique complet de vos patients (dossiers, documents, ordonnances) doit être récupérable, dans un format que le nouvel éditeur sait importer. Demandez-le par écrit, avec son coût.
2. Profitez du financement Ségur : la mise à jour vers la vague 2 est prise en charge par l'État pour une commande passée avant la mi-juillet 2027.
3. Choisissez le moment : une période creuse, avec un temps de double saisie prévu les premiers jours.
4. Formez-vous, et votre secrétariat : la plupart des éditeurs proposent une formation à distance ou sur site.

Comment choisir son logiciel médical

• Les certifications : référencement Ségur à jour, aide à la prescription certifiée HAS, agrément SESAM-Vitale récent. Sans elles, pas de dotation numérique.
• Votre spécialité : modèles de consultation, courbes, imagerie, cotations spécifiques.
• En ligne ou installé, selon votre connexion, votre matériel (Mac ou PC) et votre exercice (cabinet seul, groupe, maison de santé, remplacements).
• L'hébergement : certificat HDS de l'hébergeur et stockage dans l'Union européenne.
• Le coût total : abonnement, base de médicaments, installation, formation, et durée d'engagement.
• La réversibilité : pouvoir récupérer vos données si vous changez d'éditeur.