Logiciels de comptabilité pour TPE et PME

Notre sélection de logiciels de comptabilité pour TPE et PME : le guide complet 2025

Choisir un logiciel de comptabilité pour une TPE ou une PME n’est pas qu’une histoire de prix ou de notoriété. Entre la réforme de la facture électronique, les obligations de conformité, l’automatisation bancaire et les intégrations avec vos outils de facturation, le bon choix vous fait gagner des heures chaque mois et sécurise vos clôtures. Voici notre sélection de logiciels de comptabilité pour TPE et PME, testés et classés par cas d’usage, avec les critères clés pour faire le bon choix dès maintenant et rester prêt pour 2026–2027.

Comment choisir son logiciel de comptabilité quand on est une TPE ou une PME

Un bon logiciel de comptabilité doit couvrir vos besoins d’aujourd’hui et vous accompagner dans votre croissance. Avant de comparer les marques, clarifiez vos priorités : conformité légale en France, facturation et recouvrement, intégration bancaire, suivi budgétaire, comptabilité analytique, multi-sociétés, multi-devises, mobilité et collaboration avec l’expert-comptable.

Conformité légale et facture électronique 2026–2027

La réforme française impose la généralisation de la facture électronique et de l’e-reporting avec un calendrier progressif entre 2026 et 2027. Vérifiez que le logiciel est compatible avec la norme factur-x, qu’il sait se connecter au portail public de facturation (PPF) ou via une plateforme partenaire (PDP), et qu’il gère les mentions obligatoires, les taux de TVA spécifiques, les auto-liquidations et les exports FEC. La génération d’un FEC conforme aux contrôles de l’administration est non négociable.

Fonctionnalités essentielles à exiger

• Rapprochement bancaire automatique, import d’extraits et intégration bancaire sécurisée
• Gestion de la TVA (CA3, CA12, prorata, TVA sur encaissements, autoliquidation intra et hors UE)
• Automatisation des écritures récurrentes, modèles d’écritures, lettrage et relances clients
• OCR pour la capture des factures fournisseurs et archivage probant
• Plan comptable personnalisable, journaux, immobilisations et amortissements
• Comptabilité analytique par projets, centres de coûts, chantiers
• Clôture assistée, contrôle des anomalies, génération de la liasse via cabinet si nécessaire

Cloud ou licence installée : quel modèle choisir

La comptabilité en ligne (SaaS) offre mises à jour automatiques, accès multi-utilisateurs et mobilité. Les solutions installées (on-premise) peuvent convenir si vous avez des contraintes réseau ou des processus très spécifiques. Évaluez les sauvegardes, la sécurité, la disponibilité, et le coût total sur 3 ans (abonnement, licences, maintenance, serveurs, temps d’implémentation).

Écosystème et intégrations

Un bon logiciel s’intègre à vos outils de facturation, caisse, e-commerce, CRM, banque en ligne et paie. Cherchez des connecteurs natifs ou des intégrations via API ou zapier. Pour les TPE et PME, la fluidité entre facturation, bancaire et écritures évite les doubles saisies et les erreurs.

Budget global et accompagnement

Comparez les offres à périmètre équivalent : nombre d’utilisateurs, modules inclus, volume de pièces, archivage, support, formation. Le coût caché le plus fréquent est le temps passé à paramétrer le plan comptable et les automatismes bancaires. Privilégiez les éditeurs ou partenaires capables d’assurer la mise en place, la reprise des historiques et la formation.

Notre top 12 des logiciels de comptabilité pour TPE et PME en 2025

Voici notre sélection de logiciels de comptabilité pour TPE et PME, classés par profil et points forts. Tous sont adaptés au marché français et à la réforme de la facture électronique, ou annoncent une compatibilité.

Pennylane

Points forts : comptabilité en ligne pensée pour la collaboration avec l’expert-comptable, intégration bancaire profonde, automatisations puissantes et interface moderne. Pennylane unifie facturation, achats, notes de frais et écritures, avec OCR et workflows de validation. Idéal pour TPE et PME de services, cabinets et sociétés multi-banques. Prêt pour la facture électronique et la norme factur-x via partenaires.

À savoir : nécessite un cadrage initial soigné pour exploiter tout le potentiel. Le coût dépend du volume de pièces et des modules.

EBP Comptabilité

Points forts : référence historique française avec des déclinaisons pour TPE et PME (Pro, Ligne, Open Line, et versions cloud). Solide en plan comptable, TVA, lettrage, immobilisations et intégration avec EBP Gestion Commerciale. Écosystème d’intégrateurs présent sur tout le territoire, utile pour les secteurs BTP, négoce et petites industries.

À savoir : interface moins moderne que les pure players cloud, mais robustesse éprouvée. Bien vérifier la version (cloud ou installée) selon vos besoins.

Sage 50 et Sage 100cloud Comptabilité

Points forts : Sage 50 répond bien aux TPE et petites structures, tandis que Sage 100cloud vise les PME avec besoins multi-sociétés, analytique avancée et intégrations ERP. Solide sur les obligations françaises, exports FEC, immobilisations, rapprochement bancaire et sécurité des droits utilisateurs.

À savoir : déploiement et maintenance peuvent nécessiter un partenaire Sage. Très pertinent pour des organisations plus structurées.

Cegid Comptabilité (XRP Flex et gammes PME)

Points forts : éditeur français reconnu, offre cloud moderne avec Cegid XRP Flex et solutions PME intégrant achats, ventes, comptabilité et parfois paie. Bon choix pour les entreprises avec plusieurs entités, niveaux d’approbation et contrôles internes stricts. Préparé pour la facture électronique et l’e-reporting.

À savoir : investissement plus conséquent, mais cadre et gouvernance plus avancés pour PME en croissance.

Sellsy Comptabilité

Points forts : suite française tout-en-un pour TPE et PME de services et de négoce léger. Devis, facturation, CRM, paiement en ligne et comptabilité dans un environnement unifié. Intégration bancaire, relances intelligentes et indicateurs de trésorerie. En forte progression côté facture électronique.

À savoir : l’analytique est adaptée aux TPE et PME de services. Pour des structures industrielles, valider les besoins spécifiques.

Indy

Points forts : pensé pour indépendants, professions libérales et micro-entreprises avec une simplicité remarquable. Catégorisation automatique des transactions, déclarations fiscales guidées pour les régimes BNC et assimilés, intégration bancaire et OCR facile. Idéal pour les TPE individuelles qui veulent un minimum de saisie.

À savoir : moins adapté aux PME multi-utilisateurs, aux stocks complexes ou aux besoins d’analytique poussée.

Tiime

Points forts : plateforme fluide mêlant facturation, notes de frais, documents et comptabilité, avec banque et cartes d’entreprise en option. Automatisations et OCR performants, relances et paiements intégrés. Bon équilibre coût/valeur pour TPE de services.

À savoir : vérifier la profondeur des exports comptables et des scénarios d’analytique selon vos besoins.

Evoliz

Points forts : solution française de facturation et comptabilité simple, très appréciée des TPE et associations. Facturation, achats, OCR, rapprochement bancaire, suivi des règlements et exports comptables propres. Compatible factur-x et orientée vers la facture électronique.

À savoir : analytique et fonctionnalités avancées plus limitées que des suites PME, mais excellent rapport qualité-prix.

Sinao

Points forts : outil cloud clair et rapide pour devis, factures, dépenses et comptabilité. Idéal pour artisans, freelances et petites structures souhaitant un logiciel accessible. Intégration bancaire et exports FEC propres.

À savoir : moins adapté aux scénarios multi-sociétés ou à l’analytique complexe.

Odoo Comptabilité

Points forts : suite modulaire open source avec un module comptabilité très complet, intégré à la gestion commerciale, au stock, à la fabrication et au CRM. Parfait pour PME qui veulent unifier leur système d’information. Gestion avancée des écritures, analytique par projets, immobilisations et flux multi-devises.

À savoir : nécessite un intégrateur pour un déploiement propre. Paramétrage initial plus long mais puissant à long terme.

Zoho Books

Points forts : comptabilité cloud internationale, interface moderne, facturation, dépenses, banques, projets et portail client. S’intègre au reste de la suite zoho (CRM, analytics, inventory). Convient aux TPE et PME tournées vers le numérique et l’international.

À savoir : vérifier attentivement la couverture des spécificités françaises de TVA et la conformité facture électronique via connecteurs. Très intéressant si vous êtes déjà sur l’écosystème zoho.

Dolibarr (open source)

Points forts : ERP et comptabilité open source prisés par les TPE et associations. Coût logiciel très faible, communauté active, modules facturation, banque, comptabilité et gestion commerciale.

À savoir : demande une compétence technique pour l’hébergement, les sauvegardes et les mises à jour. Conformité et facture électronique à valider via modules et partenaires.

Remarque importante : QuickBooks n’est plus commercialisé en France. Si vous l’utilisez encore, anticipez une migration vers une solution compatible avec la facture électronique et la réglementation française.

Comparatif par cas d’usage : quel logiciel de comptabilité pour votre TPE ou PME

Micro-entreprise et professions libérales

• Meilleur pour la simplicité et les déclarations : Indy
• Alternative avec facturation intégrée et paiements : Tiime ou Evoliz
• Pour artisans avec devis et factures : Sinao

TPE de services et agences

• All-in-one moderne avec collaboration expert-comptable : Pennylane
• Suite de gestion commerciale + comptabilité : Sellsy Comptabilité
• Écosystème cloud international : Zoho Books (à valider sur TVA FR)

Commerce de détail et e-commerce

• Intégrations caisse et gestion commerciale : EBP Comptabilité + EBP Gestion Commerciale
• Approche modulaire avec connecteurs marketplaces : Odoo Comptabilité
• Suite orientée ventes et recouvrement : Sellsy Comptabilité

PME industrielles, négoce technique et BTP

• Gouvernance avancée et multi-sociétés : Sage 100cloud Comptabilité ou Cegid
• Processus métiers et fabrication : Odoo Comptabilité intégré à MRP et stock
• Réseau d’intégrateurs terrain : EBP (avec modules BTP dédiés)

Multi-établissements, multi-devises et consolidation

• Capacités de consolidation et droits fins : Sage 100cloud, Cegid
• Analytique par projets avec vues budgétaires : Odoo Comptabilité
• Pilotage multi-banques et circuits d’approbation : Pennylane

Conseil rapide : commencez par lister vos 10 processus clés (devis, validation fournisseur, note de frais, encaissement, immobilisations, clôture mensuelle, etc.). Testez chaque scénario en démo. Le meilleur logiciel est celui qui résout vos frictions réelles avec le moins de contournements.

Prix et coûts à prévoir pour un logiciel de comptabilité TPE/PME

Les fourchettes ci-dessous sont indicatives et varient selon modules, volume de pièces, nombre d’utilisateurs et accompagnement.

• Entrée de gamme TPE et indépendants (Indy, Sinao, Tiime, Evoliz) : environ 10 à 50 € par mois
• Suites TPE/PME cloud modernes (Pennylane, Sellsy Comptabilité) : environ 40 à 200 € par mois selon modules et pièces
• Éditeurs historiques et PME structurées (EBP, Sage 50/100cloud, Cegid) : de 50 € par mois à plusieurs centaines d’euros selon licences et options
• Solutions modulaires ou open source (Odoo, Dolibarr) : coût logiciel bas, mais prévoir intégrateur et hébergement

Budget d’implémentation à prévoir : audit et cadrage (0,5 à 3 jours), reprise de données (journaux, tiers, soldes, immobilisations), paramétrage TVA et analytiques, formation (demi-journée à 2 jours) et assistance au démarrage. Le retour sur investissement vient de l’automatisation du rapprochement bancaire, de l’OCR fournisseurs et de la réduction des erreurs de saisie.

Étapes clés pour réussir l’implémentation

Préparer votre plan comptable et vos journaux

Nettoyez les comptes inactifs, définissez la nomenclature tiers, créez les journaux nécessaires (banque par compte, ventes, achats, OD), paramétrez les taxes et codes TVA. Anticipez l’analytique (projets, chantiers, centres de coûts) pour éviter de tout refaire dans six mois.

Migrer vos données sans perte

Reprenez au minimum le grand livre, les soldes d’ouverture, la liste des tiers, les immobilisations et les écritures non lettrées. Testez un mois complet en bac à sable avant bascule. Vérifiez la génération du FEC sur la période de test.

Paramétrer la TVA et la facture électronique

Activez les bons codes TVA, scénarios d’auto-liquidation et exonérations, règles par produits et par pays. Côté facture électronique, validez la génération factur-x, l’acheminement via PPF ou PDP et la gestion des statuts (émise, reçue, rejetée, payée).

Former l’équipe et sécuriser les droits

Définissez les rôles (création facture, validation achats, lettrage, clôture, administration). Mettez en place l’archivage probant et les sauvegardes. Prévoyez un rituel mensuel de contrôle : lettrage des tiers, rapprochement bancaire, revue des comptes de charges et d’immobilisations.

Questions fréquentes sur les logiciels de comptabilité pour TPE et PME

Comment vérifier la compatibilité facture électronique

• Le logiciel génère-t-il des factures au format factur-x (PDF + XML) ?
• Propose-t-il un raccordement au PPF ou via une PDP certifiée ?
• Gère-t-il les statuts de vie de la facture et l’e-reporting des opérations hors champ ?
• Peut-on archiver les pièces avec valeur probante et retrouver l’audit trail ?

Cloud ou logiciel installé : lequel est le plus sûr

Un SaaS sérieux offre chiffrement, redondance, mises à jour continues et authentification multi-facteurs. Un logiciel installé peut être sûr si les sauvegardes, mises à jour et accès sont maîtrisés. Pour la plupart des TPE et PME, le cloud réduit les risques opérationnels et facilite la collaboration avec l’expert-comptable.

Quel est le rôle de l’expert-comptable avec un logiciel moderne

Il supervise les clôtures, contrôle la qualité des écritures, gère la liasse et conseille sur l’optimisation fiscale et sociale. Les logiciels en ligne permettent un travail en temps réel, un partage de documents et des validations rapides. Impliquez votre cabinet dès le choix du logiciel pour éviter les frictions sur les exports et la méthode comptable.

Quelles alternatives si mon outil actuel disparaît

Si votre solution se retire du marché français, planifiez en amont la migration vers un logiciel compatible facture électronique. Priorisez la reprise du grand livre, des tiers, des soldes et des écritures non lettrées. Testez Pennylane, EBP, Sage, Cegid, Sellsy ou Odoo selon votre profil. Anticipez 4 à 8 semaines pour une migration sereine.

Comment mesurer le retour sur investissement

• Temps économisé sur le rapprochement bancaire et l’OCR fournisseurs
• Réduction des retards de paiement grâce aux relances automatisées
• Moins d’erreurs de saisie et de corrections en clôture
• Visibilité temps réel sur la trésorerie et la marge par projet

Méthodologie de notre sélection

Pour établir notre sélection de logiciels de comptabilité pour TPE et PME, nous avons évalué les solutions sur des environnements de test et des retours utilisateurs, avec une grille de 40 critères : conformité française (FEC, TVA, factur-x), automatisation bancaire et OCR, gestion analytique, multi-sociétés, intégrations, qualité du support, clarté de l’interface, coût total de possession et capacité à accompagner la facture électronique 2026–2027. Nous actualisons ce guide régulièrement en fonction des évolutions légales et des feuilles de route éditeurs.

Recommandations finales selon votre profil

• Indépendants et micro : Indy, Tiime ou Sinao pour aller vite et rester conforme
• TPE de services et agences : Pennylane ou Sellsy pour un pilotage unifié et des relances efficaces
• Négoce, retail et artisanat : EBP pour la robustesse gestion commerciale + compta
• PME structurées, multi-sociétés ou besoins avancés : Sage 100cloud ou Cegid
• PME orientées processus et intégrations : Odoo Comptabilité, avec un intégrateur qualifié
• Budget serré et esprit libre : Evoliz ou Dolibarr (avec accompagnement technique)

Le meilleur logiciel de comptabilité pour votre TPE ou votre PME est celui qui automatise vos flux réels, s’intègre à vos outils quotidiens et vous prépare sans stress à la généralisation de la facture électronique. Testez deux ou trois solutions avec vos propres écritures, impliquez votre cabinet dès le départ, et validez la génération du FEC : c’est la recette d’une comptabilité fluide et sereine.