Logiciel de comptabilité agricole et de facturation gratuit : Isacompta, outils gratuits ou centre de gestion pour votre ferme ?

La comptabilité agricole n'a presque rien à voir avec celle d'un commerçant, et c'est pour cela qu'un logiciel de compta généraliste vous fera plus de mal que de bien. Régime du bénéfice agricole, TVA agricole, exercices décalés sur le cycle des cultures, stocks vivants qui naissent et grandissent, aides PAC à rattacher au bon exercice : tout cela demande un outil pensé pour la ferme, ou un cabinet spécialisé. La vraie question n'est donc pas « quel logiciel », mais : saisissez-vous vos écritures vous-même, ou les déléguez-vous à un centre de gestion ?

La réponse rapide selon votre profil : exploitation au réel qui veut un logiciel en autonomie, Isacompta reste la référence du marché. Pour facturer sans payer, plusieurs outils proposent une formule gratuite réelle, chacune avec sa limite. Budget zéro et à l'aise techniquement, Ekylibre est un logiciel de gestion agricole libre, gratuit quand il tourne sur votre propre serveur. Et si vous voulez déléguer la tenue et l'optimisation fiscale, c'est un centre de gestion agricole, Cerfrance ou un expert-comptable agricole, qu'il vous faut, pas un logiciel. Et depuis septembre 2026, un critère s'ajoute à tous les autres : la plateforme agréée par laquelle passeront vos factures électroniques.

Accès direct aux offres gratuites et aux éditeurs : FermeGestion (plan gratuit jusqu'à 20 clients), Tiime (facturation et plateforme agréée gratuites), Kolecto (gratuit les 12 premiers mois d'une installation), Ekylibre (code source libre), Isacompta et macompta.fr pour les agriculteurs.

Logiciel de comptabilité agricole et de facturation : le comparatif des offres relevées en octobre 2026

Le tableau réunit les prix publics et les formules gratuites affichés par les éditeurs le 27 octobre 2026. « Plateforme agréée » indique si l'éditeur annonce lui-même une plateforme agréée de facturation électronique, intégrée à l'outil ou raccordée.

Deux familles se distinguent. Les outils de comptabilité agricole (Isacompta, macompta.fr, Ekylibre) tiennent vos écritures jusqu'à la liasse. Les outils de facturation (ISAFACT, FermeGestion, Tiime, Kolecto, Kuupanda) produisent et transmettent vos factures, avec une comptabilité plus ou moins poussée. Le comparateur général de la comptabilité reste utile si votre activité dépasse l'agriculture.

Pourquoi un logiciel généraliste ne suffit pas pour une exploitation agricole

La comptabilité d'une exploitation a des spécificités qu'un logiciel de compta classique gère mal.

Le régime du bénéfice agricole (le BA) a ses propres règles d'imposition, du micro-BA avec abattement forfaitaire jusqu'au réel, et ne se calcule pas comme un bénéfice commercial. La TVA agricole est un monde à part : remboursement forfaitaire pour les plus petits, régime simplifié agricole au-delà, avec des échéances calées sur l'exercice. Les exercices décalés sont fréquents dans le secteur : beaucoup d'exploitations clôturent en cours d'année civile, sur le rythme des récoltes, et un logiciel généraliste gère mal ce décalage. Les stocks vivants, animaux, cultures en cours et récoltes, se valorisent selon des règles spécifiques qu'un outil de compta standard ignore. Un cheptel qui grandit, ce n'est pas un stock de marchandises. Enfin, les aides PAC et subventions sont des produits à comptabiliser et à rattacher au bon exercice, avec une rigueur qu'un outil agricole impose par défaut.

Ajoutez à cela les formes juridiques propres au secteur, GAEC, EARL, SCEA, CUMA, groupements, et l'on comprend pourquoi l'agriculteur passe presque toujours par un outil spécialisé ou un cabinet agricole. Un logiciel de compta TPE classique, même bon sur son créneau, n'est pas fait pour cela.

Fiscalité agricole : micro-BA, réel simplifié, réel normal et TVA agricole

Le logiciel dont vous avez besoin dépend d'abord de votre régime. Les seuils ci-dessous sont ceux publiés par l'administration fiscale ; le régime se détermine sur la moyenne de vos recettes hors taxes.

Micro-BA, réel simplifié ou réel normal : les seuils de 2026 à 2028

Au micro-BA, le bénéfice imposable est la moyenne des recettes hors taxes à laquelle s'applique un abattement de 87 % : un journal des recettes et des dépenses suffit souvent, et un outil gratuit peut faire l'affaire. La MSA rappelle que ce seuil est revalorisé tous les 3 ans ; il était de 120 000 € avant la revalorisation applicable à partir de 2026. Au réel simplifié ou normal, il faut une vraie comptabilité d'engagement, un bilan et une déclaration de résultat : place alors aux logiciels agricoles complets ou au cabinet.

TVA agricole : remboursement forfaitaire ou régime simplifié de l'agriculture

Un exploitant relève de plein droit du régime simplifié de l'agriculture (RSA) lorsque la moyenne de ses recettes, calculée sur 2 années civiles consécutives, dépasse 46 000 €. En dessous, il n'est pas redevable de la TVA et peut demander le remboursement forfaitaire agricole sur ses ventes à des professionnels assujettis, au taux de 5,59 % (lait, œufs, animaux de boucherie, céréales, oléagineux, protéagineux…) ou de 4,43 % pour les autres produits, avec la déclaration annuelle n° 3520-SD. Un logiciel qui ne distingue pas ces deux situations vous fera perdre du temps à chaque déclaration.

Cotisations MSA : une assiette tirée du bénéfice agricole

Les cotisations sociales des exploitants sont calculées par la MSA à partir de leurs revenus professionnels. Pour un exploitant au micro-BA, l'assiette repose sur les recettes hors taxes abattues de 87 %. Un résultat comptable juste est donc aussi un enjeu social, pas seulement fiscal.

Isacompta : prix, fonctionnalités et standard du marché depuis quarante ans

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Sur le créneau du logiciel de comptabilité agricole en autonomie, un acteur domine : Isacompta, édité par le groupe ISAGRI, qui se présente comme « le n°1 des logiciels pour l'agriculture », entreprise familiale basée dans l'Oise depuis 40 ans. L'éditeur annonce que 35 000 entreprises ont choisi Isacompta pour leur gestion comptable.

Isacompta couvre la comptabilité générale et analytique avec un suivi des coûts par poste et des marges par atelier, la TVA agricole et son assistant de déclaration, les immobilisations, les emprunts, la trésorerie et la liasse fiscale agricole. Il s'intègre au reste de l'écosystème ISAGRI, parcellaire et gestion de troupeau, ce qui est précieux pour un éleveur ou un céréalier qui veut relier le technique et l'économique. Son offre cloud, Isacompta Live, est annoncée dès 35 € mensuels, avec la saisie automatisée par IA (AMICOMPTA), la collecte des relevés bancaires et la plateforme agréée eFacture pour la facture électronique ; le prix exact se fixe sur devis selon les options.

Un point à connaître pour éviter une confusion fréquente : AGIRIS, qui propose Isacompta aux experts-comptables, n'est pas un concurrent d'ISAGRI. Les deux appartiennent au même groupe, qui distribue le logiciel par deux canaux, directement à l'agriculteur ou via les cabinets. Conséquence pratique : une grande partie des cabinets agricoles et des centres de gestion connaissent le logiciel, ce qui facilite le travail en saisie partagée.

ISAFACT : le logiciel de facturation agricole d'Isagri

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Pour la facturation, Isagri propose ISAFACT, sa gestion commerciale agricole : fichier clients et articles, factures, relances et règlements, plateforme agréée eFacture et intégration automatique en comptabilité avec Isacompta Live. ISAFACT Live est affiché à partir de 25 € par mois, avec des options (bons de livraison, devis, gestion des stocks) à partir de 5 € par mois.

Logiciel de facturation agricole gratuit : FermeGestion, Tiime, Kolecto et les limites du gratuit

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Et le gratuit ? La réponse honnête est : oui, mais à conditions. Le gratuit existe surtout pour la facturation ; pour une comptabilité agricole complète au réel, il reste rare. Chaque offre ci-dessous a été lue sur le site de son éditeur.

FermeGestion : un plan gratuit pensé pour les agriculteurs

FermeGestion annonce une facturation agricole gratuite, destinée aux éleveurs, maraîchers, céréaliers et viticulteurs. Le plan Gratuit, sans carte bancaire, couvre jusqu'à 20 clients, les devis et factures en PDF et au format Factur-X, les bons de livraison et un journal limité à 20 écritures par mois. Le plan Pro, à 9,90 € par mois ou 99 € par an, ajoute les clients illimités, le résultat micro-BA, le régime réel, la TVA agricole, les stocks et le cheptel. Limite importante : l'éditeur précise qu'il n'est pas encore raccordé à une plateforme agréée.

Tiime : facturation et plateforme agréée gratuites

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Tiime affiche une version gratuite pour les agriculteurs : création de devis et factures, suivi des transactions bancaires, classement des justificatifs. L'éditeur est immatriculé plateforme agréée et annonce la réception et l'émission des factures électroniques sans frais, « pour toutes tailles d'exploitations ». La comptabilité complète passe par une formule payante, dès 9,99 € HT mensuels réglés à l'année.

Kolecto : gratuit la première année d'installation

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Kolecto, affilié à 100 % au groupe Crédit Agricole, propose une offre « Nouvel installé agri » gratuite pendant les 12 premiers mois de la création ou de la reprise d'une exploitation. Ensuite, la formule Agri-bâtisseur (1 à 3 salariés) démarre à 9 € HT par mois pour les clients Crédit Agricole et à 12 € HT par mois pour les autres. Son point fort agricole : l'import et le suivi des autofactures de coopérative, avec recettes et charges séparées.

Ekylibre : le logiciel agricole open source

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Ekylibre, système d'information agricole libre (licence AGPL), couvre les interventions culturales, la comptabilité, les ventes et les achats. Auto-hébergé, il est gratuit, mais il demande un minimum d'aisance technique pour le déployer puis le tenir à jour. Le site commercial de l'éditeur était indisponible le 27 octobre 2026 : aucun tarif d'offre hébergée n'est donc repris ici.

Mes Parcelles, Agroptima : quel prix pour des outils parcellaires ?

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Les outils souvent présentés comme « gratuits », Agroptima ou Mes Parcelles, sont avant tout du parcellaire et de la gestion technique, pas de la comptabilité fiscale complète. Ni l'un ni l'autre n'est gratuit : Mes Parcelles, conçu par le réseau des Chambres d'agriculture, fonctionne par abonnement annuel ; Agroptima offre 15 jours d'essai, puis un prix calculé selon les hectares et les utilisateurs, sur demande. Ne les choisissez pas en croyant tenir votre BA et votre TVA agricole : ce n'est pas leur métier.

Reste le tableur. Excel ou un modèle de comptabilité agricole téléchargé peut suivre recettes et dépenses au micro-BA, mais il ne transmet pas de facture électronique : il ne remplace ni un logiciel de facturation, ni une plateforme agréée.

Farmeo : un complément pour le foncier, la PAC et les stocks

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Farmeo n'est pas un logiciel de comptabilité. L'éditeur, installé à Angers, propose trois outils séparés qui gravitent autour de la comptabilité de l'exploitation : Wifoncier pour la gestion foncière (déclarations loi Sempastous, demandes d'autorisation d'exploiter, baux ruraux, conventions de mise à disposition), CQPAC déclaration pour vérifier et sécuriser la déclaration PAC et estimer les aides en lien avec TéléPAC, et Stocks pour inventorier les biens de l'exploitation et valoriser les stocks sur le plan économique et fiscal.

Le module Stocks est celui qui touche le plus la comptabilité : la valeur des stocks à la clôture entre dans le résultat de l'exploitation. Farmeo ne remplace donc ni Isacompta ni un centre de gestion. Il vient à côté, pour des dossiers que la tenue comptable ne couvre pas.

macompta.fr : la comptabilité agricole en ligne, sans la complexité

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macompta.fr (macompta.fr) propose une solution de comptabilité en ligne pensée pour les exploitants agricoles : choix d'un plan de comptes agricole, avec ou sans TVA, exploitation individuelle ou société (GFA, SCEA, GAEC), comptabilité en recettes-dépenses ou en créances-dettes, déclaration de TVA, bilan et télétransmission de la liasse. Son positionnement est celui de la simplicité d'accès : pas d'installation, un mois d'essai gratuit, puis un abonnement.

Les prix affichés sur la page agriculteurs, en formule annuelle : comptabilité à partir de 15,40 € HT par mois, facturation à partir de 8,80 € HT, immobilisations à partir de 2,64 € HT, déclarations fiscales à partir de 8,75 € HT. Pour qui est-ce pertinent ? Pour les petites exploitations qui veulent tenir elles-mêmes leur comptabilité courante sans la complexité d'Isacompta, ni le coût d'un centre de gestion pour la saisie. Pour un maraîcher ou un petit éleveur qui veut garder la main sur ses chiffres, macompta.fr est une option à tester avant d'investir dans quelque chose de plus lourd.

EBP : quand votre expert-comptable connaît déjà l'outil

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EBP est un éditeur généraliste très implanté en France, distribué par des revendeurs locaux, et de nombreux experts-comptables connaissent son environnement. Sa gamme comptabilité, relevée en octobre 2026, ne comporte en revanche aucune édition agricole dédiée : pas de module bénéfice agricole ni TVA agricole présenté sur ebp.com. Si votre cabinet travaille déjà avec EBP, l'outil facilite la collaboration ; sur la seule dimension agricole, un outil spécialisé comme Isacompta ira plus loin.

Sage et Cegid : pour les structures qui ont déjà ces outils en place

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Testé par Joseph Désiré

Sage et Cegid sont des éditeurs généralistes. Aucun module de comptabilité agricole n'apparaît dans le catalogue lisible de Cegid en octobre 2026, dont les contenus agricoles visent surtout les coopératives ; la page de Sage n'était pas lisible. Ces outils s'adressent en pratique aux structures plus importantes ou aux groupements qui ont déjà un environnement Sage ou Cegid pour d'autres besoins. Pour une exploitation qui part de zéro sur le choix d'un logiciel comptable, ce n'est pas la piste à explorer en premier.

Logiciel ou centre de gestion : la vraie alternative

C'est le cœur de la décision.

D'un côté, le logiciel en autonomie : vous saisissez vous-même, vous maîtrisez vos coûts, vous payez moins cher. C'est le terrain d'Isacompta au réel, de macompta.fr pour les petites structures, et d'Ekylibre pour les profils open source.

De l'autre, le centre de gestion agricole. Le réseau Cerfrance n'est pas un logiciel : c'est un réseau d'associations de gestion et de comptabilité, les AGC, qui revendique plus de 720 agences sur le territoire. Quand vous cherchez « cerfrance dordogne », vous cherchez un cabinet local pour déléguer votre comptabilité et optimiser votre fiscalité, pas un outil à installer. Le tarif d'un comptable agricole se fixe sur devis, selon le régime, le volume de pièces et la part de saisie que vous gardez.

En réalité, les deux ne s'excluent pas. Beaucoup d'exploitations saisissent leurs écritures dans un logiciel et confient la révision et la liasse fiscale à leur centre de gestion en fin d'exercice. Voyez cela comme un curseur : tout déléguer, saisie partagée, ou tout faire vous-même.

Facturation électronique agricole : ce qui a changé en septembre 2026 pour les exploitations

Impossible de choisir un outil de facturation aujourd'hui sans regarder cette réforme. Service Public Entreprendre le rappelle : une ferme, comme n'importe quelle société ou entreprise individuelle, doit savoir accueillir sous forme électronique les factures de ses fournisseurs depuis le 1er septembre 2026, sans seuil de taille. Pour l'émission, le calendrier est étalé : grands groupes et ETI en premier, puis PME et micro au 1er septembre 2027. La plupart des exploitations ont donc un an de plus pour émettre, mais aucun délai pour recevoir.

Le point qui touche directement le choix d'un outil : chaque entreprise doit aussi retenir une plateforme agréée, qui émet, reçoit et transmet ses factures électroniques. Un logiciel de facturation, gratuit ou payant, ne remplace pas cette plateforme. Il doit soit en être une, soit s'y raccorder. Sont visés les achats et ventes entre professionnels assujettis à la TVA installés en France ; une vente à un particulier n'y passe pas, mais ses données remontent à l'administration par l'e-reporting.

Côté sanctions, la DGFiP promet, pour la phase de démarrage, de ne pas punir automatiquement une entreprise qui documente ses difficultés et les corrige. Les amendes du code général des impôts restent prévues pour qui ignore durablement l'obligation. Les outils dédiés sont classés dans la rubrique facturation électronique du site.

Facture électronique gratuite pour agriculteur : plateforme agréée, Crédit Agricole et Tiime

L'État n'a pas créé de plateforme publique gratuite pour échanger les factures : tout passe par des plateformes agréées privées. D'après la DGFiP, à la date du 1er août 2026, sur 150 plateformes agréées, une dizaine et plus offraient une formule gratuite ou sans surcoût couvrant les besoins de base des petites structures.

Pour une exploitation, trois pistes gratuites ressortent des offres relevées. Tiime, plateforme agréée, ne facture ni la réception ni l'émission. Kolecto, la filiale du groupe Crédit Agricole, est gratuit les 12 premiers mois pour un nouvel installé, puis payant ; la facturation électronique y est incluse dans tous les forfaits. FermeGestion est gratuit pour facturer, mais pas encore raccordé à une plateforme agréée : il faudra l'associer à une plateforme pour recevoir vos factures électroniques. Le gratuit couvre la circulation des factures ; la comptabilité au réel reste, elle, presque toujours payante.

Vérifier vous-même si votre logiciel est raccordé à une plateforme agréée

La direction générale des Finances publiques publie la liste des plateformes agréées. Il y a deux listes et elles ne disent pas la même chose. La première réunit les opérateurs ayant satisfait à l'ensemble des conditions, tests d'interopérabilité compris. La seconde regroupe ceux en attente d'immatriculation définitive. Figurer dans la seconde n'est pas la même garantie.

Un logiciel de comptabilité n'a pas vocation à être lui-même une plateforme agréée. La bonne question à poser à votre éditeur n'est donc pas « êtes-vous agréé », mais : à quelle plateforme agréée êtes-vous raccordé, et depuis quand ? Vous vérifiez ensuite ce nom dans la première liste. Isagri annonce sa plateforme eFacture, opérée par Cecurity, filiale du groupe ; Tiime et Kolecto annoncent leur propre immatriculation.

Facturer et tenir sa comptabilité : deux besoins qu'on confond

Un outil de facturation sert à produire des devis et des factures, à les numéroter, à suivre les règlements et à relancer. Un logiciel de comptabilité agricole tient les écritures, gère la TVA agricole, les immobilisations et prépare la liasse fiscale. Ce n'est pas la même chose, et beaucoup d'exploitations font un mauvais achat en confondant les deux. Pour les outils généralistes, la catégorie facturation les recense.

Isacompta, EBP et macompta.fr sont avant tout des logiciels de comptabilité. Ekylibre et FermeGestion couvrent les deux, ce qui explique qu'on les retrouve dans les deux types de recherche. Kuupanda vise les producteurs en vente directe : prise de commandes en ligne, BL, facturation et caisse. Les outils de parcellaire comme Mes Parcelles ou Agroptima ne font ni l'un ni l'autre : ils suivent la culture, pas l'argent.

Avec la réception des factures électroniques obligatoire depuis septembre 2026, vérifiez avant tout à quelle plateforme agréée se raccorde l'outil que vous regardez, même gratuit, même bien noté par ailleurs.

Quel logiciel pour quel profil

Pour une exploitation au réel qui veut tenir sa comptabilité en autonomie complète, Isacompta reste le choix le plus sûr : standard du marché, connu des cabinets agricoles, écosystème complet. Pour une petite exploitation qui veut simplement gérer sa comptabilité courante en ligne sans formation longue, macompta.fr est une entrée accessible. Pour facturer sans payer, Tiime et FermeGestion ont une formule gratuite, et Kolecto l'est la première année d'installation. Pour ceux dont l'expert-comptable travaille déjà dans l'univers EBP, EBP facilite la collaboration. Pour un profil technophile à budget zéro, Ekylibre est le gratuit le plus complet, à condition de l'héberger. Pour le foncier, la déclaration PAC et la valorisation des stocks, Farmeo se branche en complément. Et pour déléguer entièrement la tenue comptable et l'optimisation fiscale, un centre de gestion comme Cerfrance est la bonne réponse, pas un logiciel.

La plupart du temps, la meilleure configuration combine un logiciel pour la saisie courante et un cabinet agricole pour la révision et la clôture. Le choix du logiciel dépend d'abord de votre régime fiscal, de votre filière, de votre appétit pour l'autonomie, et de la compatibilité avec votre expert-comptable ou centre de gestion.