Logiciels de facturation pour PME

Gérer la facturation d’une PME, ce n’est pas juste “sortir un PDF” à la fin du mois. C’est jongler avec des devis multiples, des délais de paiement qui s’étirent, des relances à ne pas oublier, et une compta qui doit être carrée au centime près. 

Sans oublier la réforme 2026 qui impose la facturation électronique au format structuré, via plateforme agréée.

👉 Traduction : si votre outil actuel est lent, bancal ou pas prêt pour la réforme, vous perdez du temps et de l’argent.

Et pour une PME, la facture est le nerf de la guerre : c’est elle qui alimente votre trésorerie, finance vos salaires, vos investissements… bref, qui fait tourner la boîte.

Dans cet article, on a passé en revue les logiciels de facturation qui tiennent vraiment la route pour les PME. Pas juste ceux qui “font des factures”, mais ceux qui vous aident à piloter, encaisser et grandir.

On attaque directement avec notre favori — Sellsy, qui coche toutes les cases pour les PME qui veulent centraliser facturation, CRM et encaissements.

Sellsy – L’outil tout-en-un pour gérer devis, factures et paiements

Pour une PME, le vrai problème n’est pas seulement d’émettre des factures conformes, mais de suivre le cycle complet jusqu’à l’encaissement. C’est là que Sellsy se démarque. L’outil centralise devis, factures, paiements et relances dans un environnement unique. 

En plus, il est déjà prêt pour la facturation électronique obligatoire en 2026, avec tous les formats et mentions légales intégrés. Résultat : moins de ressaisies, moins de pertes d’info, plus de cash qui rentre à temps.

Ce qu’on aime :

• Création rapide de devis et factures, y compris à l’avancement ;
• Relances automatiques paramétrables ;
• Paiement en ligne intégré (Stripe, GoCardless…) ;
• Signature électronique native ;
• Balance âgée claire et suivi en temps réel des encaissements.

🎯 Pour qui ? PME qui veulent un outil robuste, simple à prendre en main, et qui centralise tout le cycle devis → facture → paiement.

Indy – La facturation simple et fluide pour PME orientées services

Indy a commencé comme un outil de comptabilité pour indépendants, mais ses fonctions de facturation se sont largement développées. Pour une PME orientée services, c’est une option intuitive qui relie directement la facturation à la partie comptable et bancaire.

L’interface est claire, pensée pour les non-comptables, et permet d’émettre des factures conformes en quelques clics tout en suivant les paiements.

Ce qu’on aime :

• Création de factures conformes Factur-X ;
• Interface ultra claire, pensée pour les non-comptables ;
• Suivi des paiements et gestion de la TVA intégrée ;
• Synchronisation bancaire pour pointer les règlements.

🎯 Pour qui ? PME de services qui veulent un outil accessible, avec la compta et la facturation au même endroit.

Henrri – Le gratuit qui tient la route pour les PME en démarrage

Henrri, c’est la facturation professionnelle… mais sans abonnement. L’outil permet de gérer devis et factures en toute conformité, avec une interface claire et sans publicité. 

C’est une solution idéale pour une PME qui se structure ou qui veut tester un outil sans investissement initial. La version actuelle est déjà alignée sur les obligations légales, et la compatibilité e-invoicing est prévue pour 2026.

Ce qu’on aime :

• 100 % gratuit, sans limite de factures ni publicité ;
• Modèles propres et conformes aux obligations légales ;
• Gestion multi-utilisateurs même en version gratuite ;
• Préparation au e-invoicing pour 2026.

🎯 Pour qui ? PME en phase de lancement ou avec peu de volume, qui veulent démarrer proprement sans frais.

Evoliz – L’équilibre entre facturation et suivi de trésorerie

Evoliz se positionne entre la facturation pure et la gestion financière complète. L’outil permet de créer et envoyer des factures électroniques conformes, mais aussi de suivre les paiements, les achats et la trésorerie.

Les exports comptables sont propres et directement compatibles avec les principaux logiciels utilisés par les experts-comptables, ce qui réduit les doubles saisies et les pertes de temps.

Ce qu’on aime :

• Création et envoi de factures électroniques conformes ;
• Relances automatiques intégrées ;
• Connecteurs avec les logiciels comptables (Sage, ACD, etc.) ;
• Tableau de bord trésorerie complet.

🎯 Pour qui ? PME qui veulent un outil de facturation relié directement à leur gestion financière et à leur cabinet comptable.

Tiime – La facturation mobile-friendly pour PME agiles

Tiime mise sur la mobilité et la simplicité d’usage. L’outil est pensé pour être utilisé aussi bien au bureau qu’en déplacement, avec une application mobile ultra fluide. 

Pour une PME, ça veut dire pouvoir émettre un devis ou une facture immédiatement après un rendez-vous client, suivre les paiements en temps réel, et automatiser le rapprochement bancaire sans effort.

Ce qu’on aime :

• Facturation électronique prête pour 2026 ;
• App mobile ultra fluide pour devis, factures et paiements ;
• Connexion bancaire pour rapprochement automatique ;
• Interface épurée, sans jargon technique.

🎯 Pour qui ? PME qui veulent un outil rapide, clair et utilisable en mobilité par plusieurs collaborateurs.

Les spécificités de la facturation pour les PME

Dans une PME, la facturation n’est jamais isolée. Elle est imbriquée dans les ventes, la gestion de projet, la compta, la trésorerie… Et contrairement à une TPE ou un indépendant, vous avez :

• Plus de volume : plusieurs dizaines (voire centaines) de factures par mois.
• Plus d’intervenants : commerciaux, admin, direction, compta… chacun ayant une partie de l’info.
• Plus de diversité : factures simples, récurrentes, à l’avancement, multi-taux de TVA, multi-devises, etc.

👉 Résultat : plus d’occasions de se tromper, et plus d’impact si ça arrive.

Des cycles plus longs… et plus risqués

Une PME traite souvent avec d’autres entreprises. Et en B2B, les délais de paiement ne sont pas une exception : 30, 45, parfois 60 jours. Un retard de facturation ou un oubli de relance, et c’est la trésorerie qui trinque.

Le bon logiciel n’est pas juste là pour “émettre une facture”. Il doit raccourcir le temps entre la vente et l’encaissement: génération rapide, envoi immédiat, suivi des ouvertures et relances automatiques.

La facturation au service du pilotage

Dans une PME, la facture n’est pas juste une pièce comptable. C’est un indicateur clé pour savoir :

• Ce qui a été signé mais pas encore facturé.
• Ce qui a été facturé mais pas encore encaissé.
• Ce qui risque de déraper sur le cashflow.

Un logiciel adapté PME doit donc donner de la visibilité en temps réel, sans que vous ayez à monter des rapports manuellement.

Des intégrations incontournables

Quand vous grossissez, votre facturation doit parler avec :

• Votre compta (pour éviter la double saisie) ;
• Votre CRM (pour suivre les affaires signées) ;
• Votre banque (pour pointer les paiements) ;
• Éventuellement votre outil métier (ERP léger, gestion de projet…).

💡 Une PME qui bricole avec plusieurs outils isolés perd du temps, de la cohérence… et finit par avoir des erreurs qui coûtent cher.

Les critères pour choisir un logiciel de facturation PME

Pour éviter les choix “coup de cœur” qui se révèlent inadaptés six mois plus tard, voici les points à regarder sérieusement :

La conformité réglementaire

Avec la réforme 2026, c’est non négociable : le logiciel doit être prêt pour la facturation électronique (formats Factur-X, UBL…), connecté à une PDP ou au PPF, et capable d’intégrer toutes les mentions légales nécessaires.

La rapidité d’exécution

Chaque étape doit se faire en quelques clics : devis → facture → envoi → relance → encaissement. Plus c’est fluide, moins vous laissez traîner les dossiers, et plus vite vous encaissez.

Les options de facturation avancées

Une PME doit souvent jongler avec plusieurs types de factures :

• À l’avancement (facturer à chaque jalon d’un projet) ;
• Récurrentes (abonnements, contrats de maintenance) ;
• Multi-taux de TVA ;
• Multi-devises (si vous vendez à l’international).

Un bon outil gère ces cas sans bidouille.

La gestion des relances et des paiements

Une PME ne peut pas se permettre de passer à côté d’un impayé par oubli.

Le logiciel doit :

• Programmer des relances automatiques (ton ferme ou cordial) ;
• Intégrer le paiement en ligne (carte, virement, prélèvement) ;
• Afficher clairement qui a payé, qui ne l’a pas fait, et depuis combien de temps.

L’intégration avec vos autres outils

Le logiciel doit se connecter nativement (ou via API) à vos outils clés : compta, banque, CRM, ERP, etc. 

⚠️ Si vous devez passer par des exports/imports manuels, c’est déjà un mauvais signe.

La vision financière en temps réel

Pouvoir voir votre chiffre d’affaires signé, facturé, encaissé à tout moment, c’est la base pour piloter une PME. Les meilleurs outils vous donnent cette visibilité sans que vous ayez à bidouiller Excel.

Pourquoi Sellsy sort du lot pour les PME

Dans une PME, la facturation n’est pas juste une formalité administrative. C’est la colonne vertébrale de votre trésorerie. Et c’est aussi un point de friction fréquent : délais qui s’allongent, erreurs de saisie, devis qui traînent avant d’être transformés… 

Sellsy, lui, ne se contente pas de “faire des factures” : il orchestre tout le cycle commercial jusqu’à l’encaissement.

Encaisser plus vite, avec moins d’efforts

Une facture qui part en retard, c’est un paiement qui arrive en retard. Sellsy automatise tout ce qui vous fait perdre du temps :

• Factures conformes à la réforme 2026 (formats structurés, mentions légales, PDP à venir) ;
• Relances automatiques avec suivi de lecture (fini le “je ne l’ai jamais reçue”) ;
• Paiement en ligne intégré via Stripe, GoCardless ou virement, directement depuis la facture ;
• Balance âgée visuelle pour voir en un coup d’œil où se trouvent les retards.

👉 Résultat : vos factures sortent plus vite, et votre cash arrive plus tôt.

Un cycle devis → facture sans couture

Dans une PME, le temps passé à refaire la même saisie est du temps perdu. Sellsy permet :

• De transformer un devis en facture en un clic ;
• De gérer les factures d’acompte ou d’avancement simplement ;
• D’utiliser un catalogue produits/services pour éviter les erreurs de libellé ou de prix ;
• De gérer plusieurs taux de TVA et mentions spécifiques selon vos clients.

Chaque étape est fluide, sans bricolage ni fichier intermédiaire.

La facturation qui parle à vos autres outils

Sellsy ne vit pas en vase clos. Il s’intègre avec vos outils existants :

• Exports comptables propres pour Sage, Cegid, Pennylane, etc. ;
• Connexion bancaire pour rapprochement automatique ;
• Signature électronique native ;
• API ouverte pour connecter vos apps métiers.

Pas de double saisie, pas d’info qui se perd entre deux logiciels.

Pilotage simplifié pour dirigeants pressés

En un coup d’œil, vous savez :

• Ce qui a été signé, facturé, encaissé ;
• Les encaissements attendus dans les semaines à venir ;
• Les retards à traiter en priorité.

Les tableaux de bord sont clairs, exploitables, et vous permettent de piloter sans devoir plonger dans un tableur.

Et maintenant… l’IA prend le relais

Sellsy IA ne remplace pas votre équipe, mais lui fait gagner un temps précieux :

• Résumés automatiques de fiches clients pour vos commerciaux ;
• Modèles d’emails de relance pertinents en un clic ;
• Amélioration automatique des devis et factures pour plus de clarté.

C’est comme avoir un assistant qui anticipe vos besoins, vous aide à mieux relancer et réduit les oublis.

💡 En résumé 

Pour une PME, Sellsy n’est pas juste un logiciel de facturation. C’est un outil qui fluidifie votre cycle commercial, sécurise vos encaissements, et vous donne une vision claire de votre trésorerie — sans vous noyer dans un ERP.

Conclusion : PME = pas droit à l’erreur sur la facturation

Dans une PME, la facturation est un levier direct sur la trésorerie et la croissance. Mal gérée, elle crée des trous de cash, du stress, et des heures perdues à corriger les erreurs. Bien gérée, elle accélère les paiements, fiabilise les données, et libère du temps pour l’essentiel : développer votre business.

👉 Les bons outils ne manquent pas : certains sont simples et efficaces (Henrri, Tiime), d’autres plus complets (Evoliz, Axonaut). Mais si vous cherchez à centraliser tout le cycle commercial, de la création du devis au paiement, en passant par le suivi client et la pré-compta, Sellsy reste une valeur sûre pour une PME.

Il coche les cases de la conformité, de la rapidité, des intégrations, et de la visibilité en temps réel — le tout sans transformer votre gestion en usine à gaz.

En clair : pour une PME, choisir le bon logiciel de facturation, c’est autant une décision stratégique qu’un choix technique. Et c’est maintenant qu’il faut le faire, pas en 2026 sous la pression de la réforme.