Logiciels de Facturation pour auto-entrepreneur

Vous cherchez notre sélection de logiciels de facturation pour auto‑entrepreneurs afin de gagner du temps, d’éviter les erreurs et de rester conforme aux règles françaises ? Vous êtes au bon endroit. Dans ce guide ultra‑complet, nous passons en revue les critères essentiels, les meilleurs outils du marché et les cas d’usage concrets pour choisir la solution qui vous fera réellement gagner des heures chaque mois, tout en soignant votre image auprès des clients.

Le résumé rapide pour choisir un logiciel de facturation quand on est auto‑entrepreneur

• Le plus simple et gratuit pour démarrer : Henrri ou Facture.net
• Le meilleur pour freelances services et indépendants : Freebe ou Indy (si vous voulez ajouter le suivi comptable)
• Le plus pratique si vous voulez la banque + la facturation : Shine (ou Tiime si vous souhaitez un écosystème complet)
• Le plus adapté aux artisans et au bâtiment : Tolteck ou Obat (devis détaillés, bibliothèques d’ouvrages, marges et chantiers)
• Le plus modulable avec CRM/gestion de clients : Sellsy ou Axonaut
• Le plus fluide pour devis, factures, relances et suivi de trésorerie à budget contenu : Evoliz

Comment choisir un logiciel de facturation pour auto‑entrepreneur

Un micro‑entrepreneur a besoin d’un outil simple, fiable et conforme. Avant de découvrir notre sélection, voici les critères décisifs à vérifier :

• Conformité France : numérotation des factures continue et chronologique, mentions obligatoires, gestion des avoirs, gestion de la franchise en base de tva (ou passage à la tva), format Factur‑X et préparation à la facturation électronique b2b (réforme à partir de 2026 avec déploiement progressif).
• Devis → facture en un clic : transformer un devis accepté en facture, gérer les acomptes, les échéanciers et les situations si besoin.
• Relances et paiements : relances automatiques, liens de paiement, virement, carte, qr code paiement, suivis des retards, pénalités et indemnité forfaitaire de recouvrement.
• Suivi du chiffre d’affaires micro : alerte sur les seuils micro‑entreprise et options tva, exports pour l’urssaf, journal des encaissements.
• Simplicité mobile : application mobile claire pour créer un devis ou une facture sur le terrain, ajouter un client, envoyer par courriel, récupérer la signature.
• Bibliothèque articles et services : tarifs, unités, taux de tva, remises, catégories, et import csv si vous migrez d’un autre logiciel.
• Service client et pérennité : documentation en français, support réactif, roadmap sur la réforme facture électronique et la compatibilité chorus pro (secteur public).
• Tarifs et évolution : version gratuite ou période d’essai, prix mensuel raisonnable, pas de surcoût caché pour les fonctionnalités essentielles.

Notre sélection 2025 des meilleurs logiciels de facturation pour auto‑entrepreneurs

Nous avons évalué les solutions en nous concentrant sur la facilité d’usage, la conformité France, les fonctions clés pour micro‑entreprises et le rapport qualité‑prix. Les tarifs et packs évoluent : vérifiez toujours la grille la plus récente sur le site de l’éditeur.

Henrri : gratuit, simple et efficace pour démarrer

Pourquoi on aime : Henrri est l’un des logiciels de facturation gratuits les plus connus pour les auto‑entrepreneurs. Il permet de créer des devis et des factures conformes, de gérer ses clients et d’exporter ses données. L’interface est épurée, la numérotation est propre et les mentions obligatoires sont prévues.

Idéal pour : débuter sans frais, activités de services et petites prestations. Bon choix si vous facturez peu et souhaitez rester concentré sur l’essentiel.

Points forts : gratuité, simplicité, conformité, gestion des avoirs et des remises. Export des factures et des contacts, sauvegarde dans le cloud.

À connaître : les fonctionnalités avancées (paiement en ligne, automatisations poussées, appli mobile très riche) peuvent être plus limitées que sur des offres payantes.

Facture.net : une alternative gratuite et rapide à prendre en main

Pourquoi on aime : Facture.net (par l’écosystème Codeur) permet d’émettre rapidement devis et factures avec un suivi simple des encaissements. L’approche « minimaliste » convient bien aux micro‑entreprises qui veulent aller à l’essentiel.

Idéal pour : freelances services et prestations récurrentes de faible volume, qui souhaitent un outil clair sans superflu.

Points forts : gratuité, interface sobre, gestion des statuts de factures, relances basiques.

À connaître : moins complet que des suites payantes pour la gestion avancée des paiements, des relances automatiques ou des workflows d’équipe.

Freebe : pensé pour les freelances et auto‑entrepreneurs

Pourquoi on aime : Freebe a été conçu autour des besoins d’un auto‑entrepreneur : devis, factures, suivi du temps, notes, relances, suivi du plafond micro, export pour l’urssaf, et mise en avant des mentions obligatoires. L’expérience utilisateur est l’un de ses gros points forts.

Idéal pour : prestations de services, consultants, créatifs, développeurs, community managers. Si vous facturez au temps passé et voulez un suivi propre, c’est un excellent choix.

Points forts : gestion fine de la franchise en base de tva et du passage à la tva, relances automatiques élégantes, modèles de documents, suivi du chiffre d’affaires avec alertes, intégrations utiles.

Tarifs : abonnement mensuel ou annuel selon les options. Vérifiez les prix à jour ; le rapport fonctionnalités/prix est généralement très bon pour un indépendant.

Tiime (Tiime Factures / Tiime Business) : écosystème complet facturation + finance

Pourquoi on aime : Tiime propose la facturation, la collecte des justificatifs, une offre de compte pro et des intégrations comptables. L’interface moderne facilite la création de devis, la transformation en facture, les relances et le suivi de trésorerie.

Idéal pour : auto‑entrepreneurs qui veulent centraliser facturation, paiements et documents, avec une application mobile soignée.

Points forts : factures conformes, liens de paiement, reçus et notes de frais, synchronisation bancaire si vous optez pour l’offre finance, préparation à la facture électronique.

Tarifs : module facturation avec une offre accessible, formules payantes si vous ajoutez le compte pro ou des services étendus.

Indy : facturation intégrée au suivi comptable des indépendants

Pourquoi on aime : Indy est connu pour l’automatisation comptable des indépendants et micro‑entrepreneurs. Vous pouvez créer devis et factures, suivre vos encaissements, catégoriser vos dépenses et préparer vos déclarations plus sereinement.

Idéal pour : indépendants BNC/BIC qui veulent un outil « tout‑en‑un » pour facturer et tenir une comptabilité simplifiée au fil de l’eau.

Points forts : facturation claire, export des livres, suivi des seuils micro, assistance sur les obligations et les échéances, interface simple pour les non‑comptables.

Tarifs : formule par mois selon niveau d’accompagnement comptable. Bon rapport coût/temps gagné si vous rationalisez toute votre gestion.

Evoliz : excellent équilibre entre prix, fonctions et conformité

Pourquoi on aime : Evoliz est complet pour la facturation, les devis, les acomptes, les avoirs, le suivi des encaissements, les relances automatiques et l’export comptable. L’outil reste accessible aux micro‑entreprises tout en offrant de la marge de progression.

Idéal pour : auto‑entrepreneurs qui montent en volume, artisans, petites équipes qui préparent une croissance vers une société sans changer d’outil.

Points forts : conformité france, personnalisation des documents, liens de paiement, workflows d’acceptation de devis, documents d’achat et suivis de dépenses.

Tarifs : entrée de gamme compétitive, options avancées modulaires.

Shine : compte pro + facturation intégrée pour gagner du temps

Pourquoi on aime : Shine combine un compte pro pensé pour les indépendants avec un module de facturation intégré. Vous encaissez, suivez, relancez et catégorisez sans multiplier les outils. Pratique pour avoir tout au même endroit, surtout au lancement.

Idéal pour : auto‑entrepreneurs qui veulent une solution « banque + factures » simple et mobile.

Points forts : factures conformes, modèles, statuts de paiement, rappels, accompagnement administratif, assistance réactive.

Tarifs : facturation incluse dans les plans de compte pro. Comparez selon volume d’émissions et besoins de cartes/assurances.

Axonaut : facturation + crm + pilotage pour petites structures

Pourquoi on aime : Axonaut couvre la facturation, le suivi commercial, le crm, et des fonctions de pilotage. C’est une option crédible pour une micro‑entreprise qui travaille déjà en mode « pipeline » et veut centraliser clients, devis et factures.

Idéal pour : auto‑entrepreneurs qui ont une démarche commerciale active, de la prospection et un suivi d’opportunités.

Points forts : devis → facture, relances, catalogue produits/services, reporting simple, gestion des contacts et des tâches.

Tarifs : abonnement par utilisateur avec packs. Vérifiez la grille selon votre nombre d’utilisateurs.

Sellsy : facturation professionnelle avec crm puissant

Pourquoi on aime : Sellsy est robuste pour la facturation et la relation client. Vous suivez vos prospects, envoyez des devis, relancez, et transformez en factures avec un suivi du paiement très abouti. C’est plus complet qu’un simple logiciel de facturation.

Idéal pour : micro‑entreprises orientées vente b2b, avec cycle commercial et besoin d’historique client détaillé.

Points forts : workflows, signatures, paiements, relances, scénarios. Forte évolutivité si vous grandissez.

À connaître : coût plus élevé que les solutions « 100 % facturation ». À réserver si vous tirez vraiment profit du crm.

Tolteck (ou Obat) : le duo gagnant pour le bâtiment

Pourquoi on aime : pour les artisans btp, Tolteck et Obat offrent des bibliothèques d’ouvrages, la gestion des chantiers, des devis détaillés par lot, et la transformation en factures d’acompte ou de situation. Ils intègrent les besoins terrain propres au secteur.

Idéal pour : électriciens, plombiers, maçons, peintres, menuisiers, paysagistes. Tout chantier qui nécessite un devis précis et des ajustements en cours.

Points forts : modèles de devis, marges, bibliothèques, suivis chantiers, documents pro soignés.

À connaître : ces outils sont spécialisés btp ; si vous avez aussi un besoin crm avancé, combinez avec un outil commercial.

Comparatif express par cas d’usage

• Je veux un logiciel de facturation auto‑entrepreneur gratuit et fiable : Henrri, Facture.net.
• Je veux une expérience pensée pour freelances services : Freebe.
• Je veux facturation + compta simplifiée : Indy.
• Je veux facturation + compte pro dans la même appli : Shine, Tiime.
• Je suis artisan btp, j’ai besoin de devis détaillés et situations : Tolteck, Obat.
• Je veux du pilotage commercial et un crm : Sellsy, Axonaut.
• Je veux un bon équilibre prix/fonctions/automatisations : Evoliz.

Check‑list de conformité et bonnes pratiques pour facturer en micro‑entreprise

Que vous choisissiez un logiciel gratuit ou payant, la conformité est non négociable. Voici la check‑list à suivre :

• Mentions obligatoires : identité de l’entreprise (dénomination, adresse, siren/siret), mention micro‑entreprise, numéro de facture unique et chronologique, date de facture et de vente, identité du client, désignation et quantité, prix unitaire, remises, total ht et ttc, taux et montant de tva si applicable, conditions et pénalités de retard, indemnité forfaitaire de recouvrement, conditions de règlement.
• Franchise en base de tva : si vous êtes non soumis à la tva, mention « tva non applicable, article 293 b du cgi ». Préparez le passage à la tva si vous dépassez un seuil : le logiciel doit gérer les taux, les mentions, et la bascule.
• Numérotation continue : une séquence par année civile est acceptable, mais elle doit rester sans trou ni doublon.
• Avoirs : toute correction passe par un avoir, jamais par suppression d’une facture. Le logiciel doit gérer les avoirs liés à la facture d’origine.
• Archivage et piste d’audit : conservez vos factures et votre piste d’audit. Privilégiez un logiciel qui trace les modifications et permet l’export intégral.
• Relances et pénalités : prévoyez des relances amicales puis fermes. Mentionnez dès le devis les conditions de règlement et les pénalités légales.
• Factur‑X et réforme de la facture électronique : choisissez un logiciel qui supporte le format factur‑x (pdf + xml) et qui communique clairement sa préparation aux canaux officiels (ppf/pdp) pour la réforme b2b à partir de 2026, avec déploiement progressif selon la taille des entreprises.
• Marché public : si vous facturez une administration, vérifiez la compatibilité ou l’export vers chorus pro.

Guide pas à pas : passer de zéro à une facturation propre en 60 minutes

• Étape 1 — Paramétrer l’entreprise : renseignez siren/siret, adresse, logo, mentions légales, conditions de vente, délais de paiement, tva ou franchise en base, numérotation annuelle.
• Étape 2 — Créer vos articles/services : nom, description claire, unité, prix, remise possible, taux de tva (ou « non applicable »), catégorie.
• Étape 3 — Importer ou ajouter vos clients : nom, siret si b2b, adresses de facturation et de livraison, courriel de facturation, conditions négociées.
• Étape 4 — Rédiger un devis type : lignes détaillées, remises, acompte éventuel, conditions de règlement, validité du devis, signature en ligne si disponible.
• Étape 5 — Transformer en facture : à l’acceptation, transformez le devis en facture d’acompte puis en facture de solde. Ajoutez un lien de paiement.
• Étape 6 — Relancer intelligemment : programmez 1 relance amicale avant échéance, 1 relance à échéance, 1 relance ferme après échéance avec pénalités mentionnées.
• Étape 7 — Suivre le chiffre d’affaires : vérifiez chaque mois vos seuils micro et, si besoin, préparez le passage à la tva avec votre logiciel.
• Étape 8 — Exporter et sauvegarder : exportez vos factures, livre des recettes, justificatifs, et conservez vos archives en lieu sûr.

Conseils d’expert pour gagner du temps et être payé plus vite

• Envoyez le devis le jour même du rendez‑vous : les logiciels de facturation auto‑entrepreneur sur mobile aident à capter la décision à chaud.
• Proposez un acompte : 30 à 50 % à la commande sécurise votre trésorerie. Les logiciels ici gèrent l’acompte et la facture de solde.
• Ajoutez un lien de paiement : réduisez le cycle d’encaissement avec carte, virement instantané ou prélèvement.
• Automatisez les relances : planifiez des relances claires et polies. Vous économisez du temps et augmentez votre taux d’encaissement.
• Standardisez vos modèles : logo, couleurs, mentions, conditions. Un document pro inspire confiance et évite les oublis.
• Suivez vos métriques : délai moyen de paiement, montant en retard, taux d’acceptation des devis. Ajustez vos conditions si nécessaire.

Questions fréquentes sur les logiciels de facturation pour auto‑entrepreneurs

Un auto‑entrepreneur a‑t‑il besoin d’un logiciel certifié ?

La « certification anti‑fraude tva » concerne les logiciels de caisse pour encaissements en espèces. Un auto‑entrepreneur qui émet des devis et des factures via un logiciel de facturation n’a pas l’obligation de disposer d’un logiciel certifié de caisse, sauf s’il utilise un système d’encaissement concerné. En revanche, la conformité des factures (numérotation, mentions, avoirs, conservation) est indispensable. Choisissez un logiciel qui respecte ces règles et prépare la facture électronique b2b.

Qu’est‑ce que Factur‑X et pourquoi c’est important ?

Factur‑X est un format hybride (pdf lisible + xml structuré) qui facilite le traitement automatique des factures. Il s’inscrit dans la réforme de la facture électronique b2b en France. Choisir un logiciel qui sait émettre en Factur‑X, ou qui s’y prépare, assure une transition plus fluide vers les futures obligations.

La facture électronique b2b devient‑elle obligatoire pour les micro‑entreprises ?

Oui, la réforme démarre à partir de 2026 avec un déploiement progressif. Toutes les entreprises devront au minimum être capables de recevoir des e‑factures, puis l’émission deviendra obligatoire par étapes selon la taille de l’entreprise. Les micro‑entreprises seront concernées à une échéance plus tardive que les grandes structures, mais il est conseillé d’anticiper dès maintenant en choisissant un logiciel compatible Factur‑X et prêt pour le ppf/pdp. Le calendrier précis est fixé par décret ; suivez les annonces officielles pour les dates définitives.

Quel est le meilleur logiciel de facturation auto‑entrepreneur gratuit ?

Henrri et Facture.net sont les options gratuites les plus réputées pour un démarrage rapide. Si vous avez besoin d’automatisations et de paiements intégrés, un abonnement abordable comme Freebe, Evoliz, Tiime ou Indy peut vite se rentabiliser en temps gagné et en meilleurs taux d’encaissement.

Comment gérer le passage à la tva en cours d’année ?

Votre logiciel doit permettre de basculer du régime de franchise en base à la tva : activation des taux, mise à jour des mentions légales, création de factures ttc pour les nouvelles ventes, gestion des clients intracommunautaires le cas échéant et export pour votre comptable. Planifiez la date de bascule et informez vos clients.

Méthodologie de sélection et de test

Notre sélection s’appuie sur :

• Des tests concrets de création de devis, transformation en facture, génération d’avoirs, relances et encaissements.
• Un contrôle des mentions obligatoires, de la numérotation, des exports et de la piste d’audit.
• L’évaluation de l’expérience utilisateur sur ordinateur et mobile.
• La lecture des feuilles de route publiques concernant Factur‑X et la réforme b2b.
• Le support client (délais de réponse, qualité des ressources) et la pérennité de l’éditeur.
• Le rapport qualité‑prix, la transparence des offres et la facilité d’arrêt ou d’export des données.

Faut‑il un tableau comparatif des prix ?

Les prix évoluent fréquemment et varient selon les options (paiement en ligne, nombre d’utilisateurs, modules additionnels). À titre indicatif : des solutions gratuites existent (Henrri, Facture.net), des offres dédiées aux freelances commencent généralement à un tarif mensuel modeste (Freebe, Tiime, Indy), et les suites plus complètes avec crm (Sellsy, Axonaut) sont plus onéreuses. Vérifiez toujours le tarif à jour, les limites de volume (nombre de documents, contacts) et les frais liés aux paiements en ligne.

Erreurs courantes à éviter

• Supprimer une facture pour la modifier : toujours passer par un avoir, sinon vous brisez la chaîne de numérotation.
• Oublier la mention « tva non applicable, article 293 b du cgi » si vous êtes en franchise en base.
• Relancer trop tard : programmez des relances automatiques dès l’acceptation du devis.
• Changer d’outil sans exporter : téléchargez csv, pdf et archives avant toute migration.
• Ignorer la réforme de la facture électronique : anticipez en choisissant un logiciel prêt pour Factur‑X et les plateformes officielles.

Recommandations finales selon votre profil

• Vous débutez et voulez aller vite, sans frais : Henrri ou Facture.net.
• Vous êtes freelance services avec missions récurrentes : Freebe pour la simplicité et les relances propres.
• Vous voulez facturer et automatiser votre compta : Indy pour le flux complet encaissements → déclarations.
• Vous cherchez un guichet unique banque + factures : Shine, ou Tiime si vous voulez un écosystème plus large.
• Vous êtes artisan btp : Tolteck ou Obat pour les devis détaillés, chantiers et situations de travaux.
• Vous visez un pilotage commercial plus poussé : Evoliz pour l’équilibre, Sellsy ou Axonaut si le crm est central.

Conclusion : le meilleur logiciel de facturation auto‑entrepreneur est celui qui vous fait gagner du temps tous les mois

Notre sélection de logiciels de facturation pour auto‑entrepreneurs couvre tous les profils : gratuit pour commencer, simple et orienté freelances, « tout‑en‑un » avec compte pro, spécialisé btp, ou enrichi avec crm. L’essentiel est d’assurer la conformité française, d’accélérer l’envoi des devis et l’encaissement, et de préparer la facture électronique b2b. Testez 1 ou 2 solutions pendant une semaine, évaluez la vitesse d’édition de vos documents, les relances et le suivi des paiements. Choisissez celle qui vous permet de facturer plus vite, d’être payé plus tôt et de vous concentrer sur votre cœur de métier.

Astuce finale : créez un modèle de devis et un modèle de facture dans l’outil choisi, préremplissez vos mentions légales et conditions de règlement, mettez en place un plan de relance automatique et activez les liens de paiement. En moins d’une heure, vous aurez une chaîne de facturation solide, prête à encaisser sans friction.