Logiciels de Comptabilité pour Auto-entrepreneur

Vous cherchez notre sélection de logiciels de comptabilité pour auto entrepreneur afin de gagner du temps, sécuriser vos factures et réussir vos déclarations sans stress ? Voici un guide complet, clair et actionnable pour trouver le meilleur outil selon votre activité, votre niveau de TVA et votre budget. Pas de jargon inutile, mais des critères concrets, des recommandations par profil, des bonnes pratiques et une FAQ pour prendre la bonne décision dès aujourd’hui.

Pourquoi un logiciel de comptabilité pour auto‑entrepreneur est indispensable

La micro‑entreprise simplifie la gestion, mais elle ne dispense pas de rigueur. Entre la facturation conforme, le livre des recettes, le suivi des achats, les relances d’impayés et la déclaration de chiffre d’affaires à l’urssaf, la moindre erreur peut coûter cher. Un logiciel de comptabilité pour auto entrepreneur centralise vos données, automatise les tâches répétitives et réduit les risques d’erreurs lors des déclarations. Résultat : plus de visibilité sur votre trésorerie, moins de temps passé sur l’administratif, et une activité plus sereine.

Obligations légales et conformité en micro‑entreprise

En tant qu’auto‑entrepreneur, vous devez :

• Émettre des devis et factures avec toutes les mentions légales (numéro de SIREN, adresse, date, détail des prestations, numérotation continue, conditions de paiement, pénalités de retard, escompte, etc.).
• Afficher la mention de franchise en base de TVA si vous êtes non assujetti à la TVA : « TVA non applicable, article 293 B du CGI ».
• Tenir un livre des recettes à jour et, si vous vendez des marchandises, un registre des achats.
• Conserver les justificatifs et pièces pendant la durée légale.
• Déclarer et payer vos cotisations sociales et, le cas échéant, la TVA si vous dépassez les seuils.

Un bon logiciel vous aide à respecter ces obligations sans y penser : modèles de factures conformes, journal des encaissements, exports prêts à l’emploi et rappels automatiques.

Gains de temps concrets au quotidien

Un outil adapté à l’auto‑entrepreneur vous fait gagner du temps à chaque étape : création de devis en un clic, transformation automatique en facture, relances planifiées, synchronisation bancaire pour pointer vos encaissements, reconnaissance des justificatifs pour vos achats et exports simples pour votre comptable si vous en avez un. L’objectif n’est pas de « faire plus de compta », mais de faire mieux, plus vite, et avec moins d’erreurs.

Comment choisir : les critères qui comptent vraiment

Conformité française et mentions obligatoires

Assurez‑vous que le logiciel gère les mentions légales sur les devis et factures, la numérotation automatique, la gestion des avoirs et la production du livre des recettes. L’auto‑entrepreneur n’est pas obligé d’utiliser un logiciel certifié anti‑fraude à la TVA si son activité n’implique pas l’usage d’un système d’encaissement soumis à certification, mais un outil respectant les bonnes pratiques reste un plus.

Facturation, devis et relances

Vérifiez : modèles personnalisables, bibliothèque de produits ou prestations, gestion des remises, acomptes, avoirs, factures d’acompte et de solde, relances automatiques, paiements en ligne, et mentions liées à la TVA selon votre statut. La possibilité d’ajouter la mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI » ou de basculer vers un mode avec TVA au besoin est essentielle.

Synchronisation bancaire et reconnaissance de justificatifs

La synchronisation bancaire sécurisée vous permet de pointer vos encaissements et de suivre votre trésorerie sans saisie manuelle. L’OCR (reconnaissance automatique) des tickets et factures d’achat vous fait gagner du temps et limite les oublis. Un bon logiciel vous propose aussi un classement des pièces et un moteur de recherche efficace.

TVA, seuils et anticipations

Si vous approchez des seuils de TVA, choisissez un logiciel capable de gérer les différents régimes, de basculer facilement de la franchise en base à un régime avec TVA, d’ajouter les taux applicables, et de générer un récapitulatif de TVA collectée. Même si vous êtes aujourd’hui sans TVA, anticipez l’avenir pour éviter une migration urgente.

Tarifs, support et ergonomie

Comparez les offres d’entrée de gamme, les modules inclus (devis, factures, banque, OCR, paiement en ligne), la présence d’une application mobile, la qualité du support en français et les durées d’engagement. Un essai gratuit sans carte bancaire est toujours appréciable pour tester l’ergonomie avant de s’engager.

Exports, sauvegardes et sécurité

Privilégiez les outils offrant des exports clairs du livre des recettes, du registre des achats, des écritures bancaires et des pièces jointes. Vérifiez les sauvegardes, la localisation des données en europe, la conformité au rgpd et les options de récupération en cas de changement d’outil.

Notre sélection de logiciels de comptabilité pour auto entrepreneur

Voici notre sélection de logiciels de comptabilité pour auto entrepreneur, testés et reconnus sur le marché français. Nous détaillons pour chaque outil le profil idéal, les points forts et les limites afin que vous puissiez choisir en toute confiance.

Indy : parfait pour indépendants et micro avec déclarations simplifiées

Profil idéal : freelances, professions libérales, micro avec ou sans TVA qui veulent tout centraliser et bénéficier d’un accompagnement sur les déclarations sociales et fiscales. Points forts : synchronisation bancaire robuste, catégorisation automatique, livre des recettes, facturation simple, gestion des notes de frais, rappels de déclaration et interface très accessible. Limites : facturation avancée plus basique que des outils dédiés, fonctionnalités d’inventaire limitées pour l’e‑commerce. Prix : offre adaptée aux micro, souvent à partir d’un forfait mensuel abordable, essai gratuit possible.

Freebe : pensé pour freelances en prestation de service

Profil idéal : auto‑entrepreneurs en prestation B2B qui veulent un outil focalisé sur la facturation et la gestion du chiffre d’affaires. Points forts : devis et factures conformes, suivi du chiffre d’affaires et des seuils micro, livre des recettes automatisé, tableaux de bord clairs, gestion des mentions de franchise en base de TVA. Limites : fonctionnalités comptables avancées plus légères, moins adapté aux activités avec catalogue produits volumineux. Prix : abonnement simple sans complexité, très populaire chez les freelances.

Tiime : facturation, reçus et banque au même endroit

Profil idéal : indépendants et micro qui veulent une application mobile fluide pour facturer, collecter les justificatifs et suivre les encaissements. Points forts : application mobile de qualité, OCR des justificatifs, facturation rapide, relances, lien avec un compte pro si besoin, exports adaptés. Limites : paramétrages avancés de comptabilité moins poussés que dans des suites plus lourdes. Prix : offre modulable, entrée de gamme attractive.

Evoliz : facturation complète et suivi des achats

Profil idéal : micro‑entrepreneurs qui veulent une facturation robuste, la gestion des achats, la gestion des paiements en ligne et des workflows modernes. Points forts : devis, factures, avoirs, relances, paiements en ligne, OCR, pièces jointes, tableaux de bord, gestion fine des taux de TVA. Limites : interface riche qui nécessite un léger temps de prise en main. Prix : plusieurs plans selon les besoins, bon rapport qualité‑prix pour une micro qui grandit.

Axonaut : facturation + crm tout‑en‑un

Profil idéal : auto‑entrepreneurs orientés commerciale et relation client, qui souhaitent un outil combinant devis, factures, relances, agenda, pipeline et suivi trésorerie. Points forts : suite complète, bonne vision 360, gestion des devis et des contrats, relances automatisées. Limites : plus riche qu’un simple logiciel de comptabilité pour micro, ce qui peut être excessif si vous voulez uniquement facturer. Prix : forfait unique simple, souvent compétitif au regard des modules inclus.

Pennylane : pilotage financier moderne avec votre expert‑comptable

Profil idéal : micro en croissance ou passage proche en société, besoin de partage fluide avec un cabinet comptable. Points forts : synchronisation bancaire performante, partage des pièces, workflows d’approbation, suivi TVA quand applicable, reporting clair. Limites : surdimensionné pour une micro très simple qui ne veut que facturer. Prix : positionné pro, à considérer si vous souhaitez un socle pérenne pour grandir.

Sage business cloud compta : robustesse et pérennité

Profil idéal : auto‑entrepreneurs qui veulent une solution d’éditeur historique, avec des fonctionnalités de comptabilité plus avancées et un réseau de partenaires. Points forts : stabilité, conformité, gestion des journaux, suivi TVA, reporting. Limites : plus technique que des solutions 100 % orientées micro, courbe d’apprentissage plus longue. Prix : positionnement pro, à évaluer si vous avez des besoins comptables évolutifs.

Sellsy facturation et comptabilité : idéal pour facturer et encaisser plus vite

Profil idéal : prestataires et commerces avec besoin de relances, paiement en ligne, catalogues produits et intégrations. Points forts : devis, factures, abonnements, paiements, relances intelligentes, intégrations avec d’autres outils. Limites : richesse fonctionnelle qui dépasse parfois les besoins d’une micro minimaliste. Prix : gammes modulaires selon les modules activés.

Henrri : la facturation gratuite et conforme made in france

Profil idéal : auto‑entrepreneurs qui veulent un outil de facturation gratuit, simple et conforme pour démarrer rapidement. Points forts : devis, factures, avoirs, mentions légales, livre des recettes généré à partir des encaissements, communauté active. Limites : fonctions de comptabilité et d’automatisation plus légères que dans des offres payantes, pas d’OCR avancé. Prix : gratuit pour la facturation, idéal pour débuter.

Comptalib : focus sur la saisie assistée et les déclarations

Profil idéal : indépendants qui veulent une automatisation poussée de la saisie, des conseils sur la déclaration et un suivi simple de leur activité. Points forts : synchronisation bancaire, catégorisation intelligente, accompagnement sur la déclaration de chiffre d’affaires, livre des recettes. Limites : facturation moins poussée que des spécialistes dédiés à ce volet. Prix : plans accessibles pour les micros.

Dougs : accompagnement par un cabinet en ligne, utile en phase de croissance

Profil idéal : auto‑entrepreneurs qui souhaitent un binôme outil + expert‑comptable et envisagent une évolution de statut. Points forts : conseils, sécurisation des déclarations, outil connecté, vision long terme. Limites : plus cher que les logiciels autonomes si vous cherchez uniquement la facturation basique. Prix : positionnement cabinet, pertinent si vous valorisez l’accompagnement.

Gest4U : pensé pour micro‑entrepreneurs, suivi clair du chiffre d’affaires

Profil idéal : auto‑entrepreneurs qui veulent un tableau de bord centré micro, le suivi des seuils, la génération du livre des recettes et des rappels administratifs. Points forts : ergonomie orientée micro, livres et exports, alertes sur les seuils, conformité. Limites : fonctionnalités d’écosystème plus restreintes que des suites tout‑en‑un. Prix : abordable, formule simple.

Quel logiciel pour votre profil ? Recommandations rapides

Prestations de service sans TVA

Si vous êtes en franchise en base, privilégiez une facturation simple avec suivi du chiffre d’affaires et mention automatique « TVA non applicable ». Recommandations : Freebe, Indy, Henrri, Gest4U, Tiime.

Prestations de service avec TVA

Vous avez besoin d’une gestion des taux, d’avoirs et d’exports TVA. Recommandations : Indy, Evoliz, Sellsy, Pennylane, Sage business cloud compta.

Artisans et activité mixte produits + services

Optez pour un outil gérant devis détaillés, factures d’acompte, suivi des achats et paiement en ligne. Recommandations : Evoliz, Sellsy, Axonaut, Tiime.

E‑commerce et ventes fréquentes

Privilégiez les intégrations, les paiements et un suivi des encaissements fluide. Recommandations : Sellsy, Evoliz, Pennylane, outils de facturation reliés à votre plateforme de vente.

Micro qui souhaite grandir ou changer de statut

Anticipez la montée en puissance : partage avec un cabinet, TVA, journalisation plus fine. Recommandations : Pennylane, Sage business cloud compta, Dougs.

Guide express pour choisir et migrer sans douleur

Étapes de sélection en 30 minutes

• Listez vos besoins essentiels : devis / factures, livre des recettes, relances, TVA, appli mobile, paiements en ligne.
• Fixez un budget mensuel et un niveau d’engagement acceptable.
• Sélectionnez 2 ou 3 outils de cette sélection qui correspondent à votre profil.
• Testez avec des devis et factures réelles, vérifiez les mentions légales et la numérotation.
• Contrôlez la facilité des exports et la qualité du support en français.

Migrer depuis excel ou un autre outil

• Récupérez votre base clients et produits au format csv.
• Exportez vos factures en pdf et, si possible, en données structurées.
• Importez dans le nouveau logiciel : clients, produits, numérotation à jour.
• Paramétrez vos mentions légales, vos modèles et vos moyens de paiement.
• Activez la synchronisation bancaire et testez un cycle complet devis → facture → encaissement → relance.

Bonnes pratiques pour rester conforme toute l’année

• Numérotation continue et pas de suppression de facture : utilisez les avoirs.
• Conservez toutes les pièces et rangez‑les dès réception via l’appli mobile.
• Mettez vos mentions TVA à jour si vous franchissez un seuil.
• Générez le livre des recettes chaque mois et vérifiez les totaux.
• Automatisez les relances pour limiter les retards de paiement.

Comparatif synthétique des fonctionnalités clés à vérifier

• Facturation : devis, factures, avoirs, acomptes, abonnements si besoin, mentions conformes.
• Comptabilité micro : livre des recettes, registre des achats, exports clairs.
• Banque : synchronisation, rapprochement automatique, catégorisation.
• TVA : franchise en base, bascule simple vers la TVA, taux multiples.
• Automatisation : relances, paiements en ligne, OCR pour justificatifs.
• Mobiles : application iOS / android, scans de reçus, création de devis et factures.
• Support : chat, email, téléphone, centre d’aide en français et tutoriels.
• Sécurité : sauvegardes, chiffrement, données hébergées en europe, conformité rgpd.

FAQ — logiciels de comptabilité pour auto‑entrepreneur

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité pour auto‑entrepreneur ?

Le « meilleur » dépend de vos priorités. Pour une micro orientée services sans TVA, Freebe, Indy, Henrri ou Tiime sont des valeurs sûres. Si vous avez besoin de fonctionnalités plus avancées, Evoliz et Sellsy offrent une facturation complète. Pour un travail collaboratif avec un cabinet ou une montée en puissance, Pennylane et Sage business cloud compta sont adaptés.

Un logiciel est‑il obligatoire pour un auto‑entrepreneur ?

Non, mais il est fortement recommandé. Vous devez être conforme sur la facturation, la tenue du livre des recettes et la conservation des pièces. Un logiciel dédié automatise ces tâches, réduit les erreurs et facilite vos déclarations à l’urssaf, surtout si votre activité s’intensifie.

Existe‑t‑il des logiciels gratuits ?

Oui. Henrri propose une facturation gratuite et conforme, idéale pour démarrer. Cependant, les offres payantes apportent des gains de temps décisifs : synchronisation bancaire, OCR, relances automatiques, paiements en ligne et assistance de qualité. Le coût est souvent amorti dès quelques heures gagnées par mois.

Comment gérer la TVA en micro‑entreprise ?

Tant que vous restez sous les seuils de franchise en base, vous n’appliquez pas de TVA et vous devez afficher la mention dédiée sur vos factures. Si vous dépassez les seuils, vous devenez assujetti à la TVA : votre logiciel doit alors gérer les taux, les numéros de factures, la TVA collectée et les exports pour votre déclaration. Choisissez un outil qui permet cette bascule sans friction.

Le livre des recettes est‑il généré automatiquement ?

La plupart des logiciels de cette sélection génèrent automatiquement un livre des recettes à partir de vos encaissements. Vérifiez la présence des colonnes exigées (date, référence, client, nature de la vente ou prestation, mode d’encaissement, montant, etc.) et la possibilité d’exporter en pdf et en csv.

Que se passe‑t‑il si je change d’outil plus tard ?

Assurez‑vous que le logiciel choisi propose des exports complets : clients, produits, livres, pièces, numérotation. Conservez vos pdf de factures et vos relevés. La plupart des éditeurs offrent une assistance à l’import, ce qui permet une migration propre en quelques jours, idéalement en début de mois ou d’exercice.

Conclusion : notre sélection de logiciels de comptabilité pour auto entrepreneur, à adapter à votre réalité

Pour dominer votre administratif et rester focalisé sur votre cœur de métier, partez d’un trio gagnant : facturation conforme, synchronisation bancaire et exports clairs. Notre sélection de logiciels de comptabilité pour auto entrepreneur couvre tous les profils : Freebe, Indy, Tiime et Henrri pour une micro orientée services, Evoliz et Sellsy pour une facturation robuste avec paiements et achats, Pennylane et Sage business cloud compta pour un pilotage professionnel, Axonaut pour un volet crm intégré, Dougs et Gest4U pour un accompagnement et un suivi micro bien pensés.

Prenez 30 minutes pour tester 2 outils, générez un devis et une facture, activez la synchronisation bancaire et vérifiez les mentions légales. Le bon choix se remarque tout de suite : vous gagnez du temps, vos documents sont propres, vos relances partent seules et votre livre des recettes est toujours à jour. C’est ainsi que vous posez des bases saines pour développer votre activité en toute sérénité.