Logiciels de comptabilité pour EURL

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité pour EURL ?

La meilleure réponse est nuancée, car une EURL n’a pas toutes les mêmes attentes: certaines gèrent la tenue comptable en interne et veulent produire la liasse fiscale, d’autres préfèrent collaborer étroitement avec un expert-comptable et se concentrer sur la facturation et le pilotage. En 2025, pour la plupart des EURL, le meilleur choix “généraliste” est Pennylane pour sa collaboration fluide avec l’expert-comptable, ses connexions bancaires solides, sa gestion de la TVA et ses automatismes. Pour les EURL qui souhaitent tenir et télétransmettre elles-mêmes leur comptabilité, Zefyr et EBP Compta (ou EBP Horizon en cloud) se distinguent par leur couverture fonctionnelle, notamment la liasse fiscale et le FEC. Sage Business Cloud Compta reste une valeur sûre si vous cherchez un écosystème reconnu et un réseau d’intégrateurs important.

Dans ce guide, vous trouverez des critères de choix concrets, un comparatif par cas d’usage et une sélection d’outils adaptés à la comptabilité d’une EURL à l’IS ou à l’IR. Objectif: vous aider à choisir le meilleur logiciel de comptabilité pour votre EURL, sans perdre de temps ni d’argent, et en restant 100 % conforme aux exigences françaises (FEC, TVA, télétransmission des liasses, loi anti-fraude).

Ce qu’une EURL doit absolument attendre de son logiciel de comptabilité

Rappel des obligations comptables d’une EURL

Qu’elle soit à l’impôt sur les sociétés (IS) ou à l’impôt sur le revenu (IR), une EURL tient une comptabilité commerciale complète: journal, grand livre, balance, inventaire, bilan, compte de résultat, annexes, fichier des écritures comptables (FEC) et, le cas échéant, liasse fiscale. Même lorsque l’associé unique est imposé à l’IR, la forme sociale impose des comptes de type “comptabilité d’engagement” selon le plan comptable général. Le logiciel doit donc couvrir au minimum la tenue des écritures, la gestion de la TVA, le rapprochement bancaire et la production du FEC en cas de contrôle fiscal.

Fonctionnalités clés à privilégier

• Banque et rapprochement: agrégation bancaire, catégorisation automatique, lettrage et rapprochement fiables.
• TVA et obligations: gestion multi-taux, intracommunautaire, prorata le cas échéant, déclarations et télétransmission via EDI/EFI ou export pour l’expert-comptable.
• Immobilisations et amortissements: création des fiches, plans d’amortissement, écritures automatiques et cession d’immobilisations.
• Facturation conforme: numérotation inaltérable, mentions légales, intégration des acomptes et avoirs, gestion des retards et relances.
• FEC et conformité: génération du FEC au format officiel, piste d’audit fiable, historique des modifications.
• Collaboration avec l’expert-comptable: accès dédié, droits fins, exports FEC/Balance/Grand livre, commentaires sur pièces, flux documents.
• OCR des justificatifs: scan mobile, reconnaissance des factures et notes de frais, pré-affectation comptable.
• Analytique: axes analytiques par projet, chantier, client, centre de coût, avec restitutions utiles au pilotage.
• Liasse fiscale: préparation et télétransmission TDFC/TD‐BIL via le logiciel ou via votre cabinet si vous déléguez.

Conformité française: TVA, FEC et loi anti-fraude

Votre EURL doit produire un FEC conforme à la norme en cas de contrôle, déclarer la TVA, sécuriser la piste d’audit fiable et, si vous encaissez des ventes à des particuliers via un système de caisse, respecter la loi dite “anti-fraude à la TVA” avec un logiciel certifié. Vérifiez aussi la capacité de l’outil à gérer la facturation électronique et les e‑reports attendus avec la réforme de la facture électronique: compatibilité Chorus Pro pour la facturation publique et préparation à l’e-invoicing/e-reporting.

Coût total de possession et évolutivité

Ne regardez pas uniquement l’abonnement mensuel. Intégrez la mise en place, la reprise des historiques, les modules additionnels (liasse, immobilisations), le coût des utilisateurs supplémentaires et le support. Une EURL qui grossit aura peut-être besoin d’axes analytiques, d’intégrations avec un CRM ou un logiciel de paie, d’une gestion de stock ou d’applications métiers. Choisissez un éditeur capable d’accompagner votre trajectoire.

Le top des logiciels de comptabilité pour EURL en 2025

Pennylane — le meilleur pour la collaboration expert-comptable + pilotage en temps réel

Pennylane s’impose pour les EURL qui veulent un cockpit financier moderne: synchronisation bancaire robuste, OCR performant, workflows de validation, facturation intégrée, suivi de trésorerie et collaboration native avec l’expert-comptable. L’outil accélère la tenue via des règles d’affectation et propose un suivi de TVA clair. La liasse fiscale est généralement produite et télétransmise par le cabinet connecté à la plateforme, ce qui rassure et limite les erreurs.

• Points forts: ergonomie, automatisations bancaires, circuit de pièces, multi-devises basiques, collaboration fluide avec l’expert-comptable, exports FEC.
• Limites: si vous tenez vous-même de A à Z jusqu’à la liasse sans cabinet, ce n’est pas le terrain de jeu idéal; modules comptables avancés (immobilisations complexes) parfois gérés côté cabinet.
• Pour qui: EURL qui veut gagner du temps, fiabiliser la TVA et avoir une visibilité en continu, avec un cabinet partenaire.

Sage Business Cloud Compta — la valeur sûre dans l’écosystème Sage

Sage Business Cloud Compta convient aux EURL qui apprécient la stabilité d’un grand éditeur. Vous bénéficiez d’un socle comptable complet, des connexions bancaires, d’exports conformes et d’un écosystème d’intégrateurs, de formations et d’extensions métier. La liasse fiscale peut être produite via des modules dédiés ou en lien avec votre cabinet. Pour les entreprises attachées au poste de travail, Sage 50 Comptabilité reste une alternative on-premise éprouvée.

• Points forts: notoriété, réseau de partenaires, conformité française éprouvée, FEC, intégrations multiples.
• Limites: ergonomie moins “start-up” que les nouveaux entrants, addition de modules pour couvrir tous les besoins (coût à surveiller).
• Pour qui: EURL qui cherche un éditeur majeur, compatible avec de nombreux cabinets et connecteurs.

EBP Compta / EBP Horizon Compta — la référence pour la tenue classique et la liasse

EBP propose à la fois des solutions desktop (Open Line) et cloud (Horizon). Pour une EURL qui veut tenir sa comptabilité, gérer les immobilisations et produire la liasse fiscale, EBP reste un “classique” solide. Les fonctionnalités couvrent la tenue d’engagement, la TVA, les immobilisations, le FEC et, selon l’édition, la liasse avec télétransmission.

• Points forts: profondeur fonctionnelle, liasse fiscale, conformité TDFC, pérennité de l’éditeur.
• Limites: interface plus technique, mise en place à soigner; certains modules en options.
• Pour qui: EURL qui souhaite garder la main sur toute la production comptable et fiscale, ou travailler en mode “hybride” avec son cabinet.

Zefyr — le meilleur pour tenir et télétransmettre soi-même

Zefyr a été conçu pour les TPE qui souhaitent gérer la comptabilité de bout en bout: écritures, immobilisations, TVA, FEC, liasse fiscale et télétransmission, le tout en ligne. Il répond très bien aux EURL prêtes à investir un peu de temps pour rester autonomes, avec un support tourné vers les non-spécialistes.

• Points forts: liasse intégrée et télétransmission, interface guidée, coût maîtrisé.
• Limites: moins d’écosystème d’intégrations que les très grands éditeurs; fonctionnalités de gestion commerciale plus basiques.
• Pour qui: EURL à budget serré qui veut rester autonome sans sacrifier la conformité.

Evoliz — facturation + pré-comptabilité simple pour TPE

Evoliz met l’accent sur la facturation, les achats, la collecte des pièces et la pré-comptabilité, avec exports FEC et passerelles vers les cabinets. C’est un bon choix si vous souhaitez une application simple, centrée business, et déléguer la révision et la liasse à un expert-comptable.

• Points forts: facturation, OCR, relances clients, exports propres pour l’expert.
• Limites: pas pensé pour produire soi-même la liasse fiscale; comptabilité avancée limitée.
• Pour qui: EURL orientée facturation/encaissement qui confie la liasse à un cabinet.

Sellsy Comptabilité — bon pour les EURL commerciales orientées vente

Sellsy propose un ensemble CRM, facturation et comptabilité. Intéressant si votre EURL est très orientée vente et souhaite centraliser le cycle de vie client, devis, factures, paiements et pré-comptabilité. La production fiscale complète reste généralement gérée par votre cabinet.

• Points forts: alignement ventes + facturation + pré-compta, interface moderne.
• Limites: liasse fiscale plutôt via cabinet; modules selon vos besoins.
• Pour qui: EURL avec un flux commercial soutenu qui veut unifier ses outils.

Tiime — option budget pour pré-comptabilité et pièces

Tiime facilite la collecte des justificatifs, la facturation et les flux bancaires avec un focus “zéro papier”. Il convient si vous cherchez un coût réduit et un flux de pré-comptabilité propre à transmettre à votre cabinet. Ce n’est pas un logiciel pour produire vous-même la liasse fiscale d’une EURL.

• Points forts: simplicité, mobile, OCR, gestion des notes de frais.
• Limites: pas de liasse en autonomie, comptabilité avancée limitée.
• Pour qui: EURL qui veut un pré-comptable fluide, avec un expert-comptable en pilote.

Remarque importante: QuickBooks a cessé ses activités en France, mieux vaut donc l’écarter si vous cherchez une solution alignée sur la conformité et le support locaux.

Quel logiciel de comptabilité pour EURL selon votre cas

Vous tenez tout vous-même, jusqu’à la liasse fiscale

Choisissez un logiciel qui intègre la liasse et la télétransmission TDFC, ainsi qu’un module d’immobilisations. Les candidats naturels sont Zefyr et EBP Compta/EBP Horizon. Vérifiez la couverture TVA, les éditions de contrôles, la génération du FEC et la disponibilité d’un support réactif. Attendez-vous à une phase d’apprentissage, mais vous garderez la maîtrise totale des délais et des coûts.

Vous collaborez avec un expert-comptable

Pennylane, Sage Business Cloud Compta, Evoliz, Sellsy ou Tiime conviennent parfaitement. Votre objectif est de fiabiliser et d’automatiser la collecte de pièces, le rapprochement bancaire et la préparation de la TVA, pour que le cabinet fasse la révision et la liasse avec un minimum d’allers-retours. Assurez-vous que votre cabinet maîtrise l’outil retenu et qu’il valide le format d’export (FEC, balance, grand livre, écritures d’à-nouveaux).

EURL avec TVA complexe, intracommunautaire ou immobilisations nombreuses

Privilégiez un logiciel offrant des paramétrages fins de TVA (intracommunautaire, import/export, autoliquidation sur certains achats) et un module d’immobilisations solide. EBP et Sage sont très complets de ce point de vue. Si vous optez pour Pennylane ou une solution de pré-compta, validez que votre cabinet gère bien ces cas et saura compléter la chaîne jusqu’aux déclarations et à la liasse.

EURL orientée services avec facturation récurrente

Si votre EURL facture des abonnements ou des prestations récurrentes, la qualité de la facturation, des automatismes et des relances est primordiale. Pennylane, Sellsy et Evoliz gèrent bien ces enjeux. Assurez-vous que l’outil supporte la facturation d’acomptes, les modèles et les échéanciers.

Comment migrer votre EURL vers un meilleur logiciel sans douleur

Étapes recommandées

• Audit préalable: listez vos besoins réels (liasse en interne ou non, immobilisations, analytique, multi-entités, interfaces).
• Choix de la date de bascule: idéalement au 1er jour d’un exercice; sinon, bascule en cours d’année avec reprise de la balance et des écritures.
• Reprise des historiques: récupération du FEC ou des écritures, des immobilisations (valeurs d’origine, amorti cumulé, durées), des tiers et des journaux.
• Paramétrages: plan comptable, codes et régimes de TVA, journaux, banques, lettrage, axes analytiques.
• Recettes et contrôles: balance d’ouverture = balance de clôture précédente, tests de TVA, rapprochements bancaires, génération FEC de test.
• Formation: courte formation des utilisateurs internes, guide des pièces, bonnes pratiques de lettrage.
• Accompagnement cabinet: validez avec votre expert-comptable le format des exports et le calendrier de clôture.

Bonnes pratiques à appliquer dès le premier mois

• Mettre en place des règles d’automatisation sur les flux récurrents (banque, achats, abonnements).
• Scanner les justificatifs au fil de l’eau avec l’application mobile.
• Vérifier mensuellement la TVA et le lettrage des tiers.
• Réaliser un rapprochement bancaire complet tous les mois.
• Générer un FEC de contrôle une fois par trimestre pour sécuriser la conformité.

Erreurs fréquentes à éviter quand on choisit un logiciel pour EURL

• Sous-estimer la liasse fiscale: si vous voulez l’émettre vous-même, vérifiez que le module TDFC est bien inclus et à jour.
• Ignorer la collaboration cabinet: choisir un outil que votre expert-comptable ne maîtrise pas peut vous coûter du temps et des honoraires.
• Négliger la TVA: paramétrage des régimes et des comptes de TVA essentiel; testez des cas réels avant d’aller en production.
• Reporter la reprise des immobilisations: une reprise mal faite fausse votre bilan et votre amortissement dès le départ.
• Ne pas prévoir les exports: assurez-vous que FEC, balance, grand livre, journaux et écritures d’à-nouveaux sont exportables proprement.

FAQ – logiciel de comptabilité pour EURL

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité pour EURL si je débute totalement ?

Si vous travaillez avec un cabinet, Pennylane est souvent le plus simple pour démarrer rapidement grâce à ses automatismes et à la collaboration intégrée. Sans cabinet, Zefyr est une option accessible pour tenir et télétransmettre vous-même, avec un accompagnement pédagogique.

Existe-t-il un logiciel gratuit vraiment adapté à une EURL ?

Les solutions gratuites couvrent rarement la liasse fiscale et la conformité attendue d’une EURL. Pour réduire le budget, optez plutôt pour un outil de pré-compta abordable (Tiime, par exemple) combiné à un expert-comptable, ou pour Zefyr si vous acceptez de tenir vous-même.

Puis-je tenir la compta d’une EURL sans expert-comptable ?

Oui, c’est légalement possible, à condition de respecter la comptabilité d’engagement, le FEC, la TVA, les immobilisations et la liasse. Des outils comme EBP ou Zefyr l’autorisent. Toutefois, une revue annuelle par un expert-comptable reste fortement recommandée pour limiter les risques fiscaux et sociaux.

QuickBooks est-il une bonne idée pour une EURL en France ?

Non, QuickBooks a cessé son service en France. Préférez un éditeur actif sur le marché français, conforme au FEC et à la TVA, et prêt pour la facture électronique.

La réforme de la facture électronique change-t-elle mon choix ?

Oui. Assurez-vous que l’éditeur est engagé dans la conformité e-invoicing et e-reporting pour la France, compatible avec les plateformes de dématérialisation partenaires et Chorus Pro. Pennylane, Sage, EBP et Sellsy communiquent sur ces sujets; validez la feuille de route avant de vous engager.

Quelles intégrations sont utiles pour une EURL ?

Banques et cartes, OCR de factures, passerelles e‑commerce et paiement (Stripe, PayPal), CRM si vous avez un cycle de vente, paie si vous avez des salariés, et bien sûr une connexion fluide avec votre cabinet. Ces intégrations sécurisent la piste d’audit et réduisent la saisie manuelle.

Notre verdict: le meilleur logiciel de comptabilité pour EURL en 2025

Pour la majorité des EURL, le meilleur compromis entre simplicité, automatisations et collaboration cabinet est Pennylane: vous gagnez un temps précieux sur les flux bancaires et les pièces, tout en fiabilisant la TVA et le pilotage. Si votre priorité est l’autonomie totale, y compris la liasse fiscale, Zefyr et EBP Compta/EBP Horizon restent les plus pertinents. Enfin, si vous cherchez un grand écosystème et la stabilité d’un éditeur historique, Sage Business Cloud Compta est un excellent choix.

Le “meilleur” logiciel de comptabilité pour EURL est donc celui qui colle à votre mode de gestion: collaboration étroite avec un expert-comptable, ou autonomie jusqu’à la télétransmission. Listez vos exigences, testez deux à trois solutions en démonstration, validez la compatibilité avec votre cabinet et sécurisez la reprise des données. C’est ainsi que vous obtiendrez une comptabilité sans friction, conforme et réellement utile au pilotage de votre EURL.