Logiciel de comptabilité pour SAS : comparatif des solutions

Beaucoup de classements de logiciels de comptabilité « pour SAS » recommandent des outils qui ne savent même pas gérer l'impôt sur les sociétés. Ce comparatif retient les logiciels qui tiennent vraiment la route pour une SAS, et explique pourquoi.

Une SAS, ce n'est pas une auto-entreprise avec un statut différent. C'est une société à l'IS, avec une vraie comptabilité d'engagement, une liasse fiscale 2065 et des comptes à déposer au greffe chaque année. Le bon outil dépend d'une seule question : jusqu'où voulez-vous mettre les mains dedans ? Tarifs hors taxes, relevés en octobre 2026 auprès des éditeurs.

Quel logiciel de comptabilité pour une SAS, selon votre situation

• Vous ne voulez surtout pas toucher à la compta → un cabinet en ligne comme Dougs (packs dès 79 € HT/mois). Vous déléguez tout, un expert-comptable atteste vos comptes.
• Vous avez (ou voulez) un expert-comptable mais vous aimez piloter → Pennylane (29 à 149 € HT/mois pour une TPE). La plateforme se partage avec votre cabinet, vous gardez la main au quotidien.
• Vous avez une compétence compta en interne → Sage ou EBP, les références qui vont du journal jusqu'au bilan.

Ces trois profils suffisent à orienter la plupart des dirigeants. Le détail par famille d'outils suit.

Les obligations comptables d'une SAS : pourquoi elle ne se gère pas comme une auto-entreprise

C'est une erreur fréquente : choisir une appli de facturation pensée pour les indépendants, puis découvrir au premier bilan qu'elle ne suit pas. Une SAS impose quatre contraintes qu'un statut d'indépendant ignore :

• La comptabilité d'engagement : on enregistre créances et dettes à leur naissance, pas à l'encaissement. Un simple suivi recettes-dépenses ne suffit pas.
• L'IS et la liasse 2065 : bilan, compte de résultat, liasse fiscale propre aux sociétés. L'outil doit savoir les produire ou les alimenter.
• Le dépôt des comptes au greffe : chaque exercice se clôture officiellement, avec l'approbation des comptes par les associés. Un logiciel qui s'arrête à la facture vous laisse à mi-chemin.
• Dividendes et compte courant d'associé : si vous vous rémunérez ainsi, ça doit être proprement comptabilisé.

Facturation électronique : ce qui change pour une SAS

La facturation électronique devient obligatoire en réception pour toutes les entreprises dès septembre 2026, quelle que soit leur taille, puis en émission jusqu'en 2027 pour les PME. Concrètement, votre SAS doit pouvoir recevoir ses factures fournisseurs via une plateforme agréée, et votre outil de devis et de facture doit être prêt à émettre au format électronique. Pennylane, Tiime, Evoliz et Keobiz annoncent tous des offres conformes à la réforme. Ne choisissez pas aujourd'hui un outil qui n'y est pas prêt, vous en changeriez dans un an. Le détail des solutions est présenté dans le comparatif facturation électronique.

Déléguer à un cabinet en ligne : le choix de la tranquillité

Si la compta vous ennuie profondément, c'est le choix le plus serein. Les cabinets 100 % en ligne réunissent un logiciel et un expert-comptable dans un forfait mensuel : tenue, bilan, liasse, dépôt, tout est pris en charge.

• Dougs est une référence sur ce créneau, pour les SAS, SASU, holdings, EURL et SARL : Pack Liberté dès 79 € HT/mois (bilan attesté par un expert-comptable), Pack Sérénité dès 99 € HT/mois (télédéclaration IS et TVA, PV d'assemblée générale annuelle, dépôt des comptes avec frais de greffe inclus), Pack Exclusivité dès 129 € HT/mois avec un comptable dédié.
• Keobiz mise davantage sur l'humain, avec un chargé de mission dédié à votre secteur : forfaits à partir de 89 € HT/mois pour les sociétés, en trois niveaux (Easy, Confort, Premium, ce dernier affiché dès 179 € HT/mois). Le bilan et la liasse sont inclus à partir des packs intermédiaires, et la plateforme utilisée est Pennylane. À regarder si vous voulez un interlocuteur très présent.
• Comptalib et Clementine complètent ce trio de cabinets en ligne, sur devis selon votre volume d'écritures.

Le coût est plus élevé qu'un simple logiciel, mais vous payez la responsabilité d'un expert-comptable. Pour une SAS, ça change tout.

Piloter avec son expert-comptable : Pennylane, Tiime

Pennylane Site officiel Lire le test

Vous voulez garder un œil sur vos chiffres sans tout faire vous-même ? Les plateformes collaboratives partagent le même dossier entre vous et votre cabinet.

• Pennylane domine cette catégorie, et c'est mérité. Pour une TPE, les offres vont de 29 € HT/mois (Basique) à 149 € HT/mois (Premium avec module comptable), pour deux utilisateurs ; les offres « Indépendant », ouvertes notamment aux SASU, vont de 7 à 79 € HT/mois (Basique à 14 €). C'est souvent votre expert-comptable qui vous l'installe, et la saisie automatisée fait gagner un temps fou.
• Tiime est gratuit pour démarrer (offre Free), puis 17,99 € HT/mois en formule Smart pour une société de 0 à 1 salarié, 29,99 € de 2 à 5 salariés : redoutable sur la facturation et la pré-comptabilité, à coupler à un cabinet pour le bilan (l'éditeur revendique 3 000 cabinets partenaires).

Indy et les outils pour indépendants : à écarter en SAS

Indy Site officiel Lire le test

Testé par Claire Lambert

Un mot sur Indy, qu'on vous recommandera ailleurs : excellent outil, mais pensé pour les indépendants qui font leur compta sans expert-comptable. Pour une SAS, et surtout à plusieurs associés, mieux vaut regarder ailleurs. Il en va de même des applications de facturation pour micro-entrepreneurs : elles éditent des devis et des factures, mais ne tiennent pas une comptabilité d'engagement.

Gérer en interne avec Sage, EBP ou Cegid : pour les SAS structurées

Cegid Site officiel Lire le test

Testé par Joseph Désiré

Vous avez quelqu'un à la compta, voire un DAF ? Deux niveaux, selon que vous voulez aller jusqu'au bilan en interne ou garder un cabinet pour la clôture.

• Sage (Sage 50, Sage Active), EBP Compta et Cegid vont du journal jusqu'au bilan : les références françaises pour internaliser toute la chaîne, sur devis. La prise en main demande un vrai bagage comptable, Cegid visant plus haut (PME, ETI).
• Evoliz (29 à 49 € HT/mois) et Axonaut (sur devis) couvrent la facturation et la pré-comptabilité : parfaits pour gérer le quotidien en autonomie, avec le bilan à confier à votre expert-comptable. Axonaut a l'avantage de centraliser CRM, devis et facturation au même endroit.

Les fonctionnalités indispensables d'un logiciel comptable pour SAS : devis, facture, banque, liasse

Quel que soit le modèle retenu, vérifiez que l'outil coche ces cases avant de signer :

• Devis et factures conformes à la réforme, avec réception des factures fournisseurs via une plateforme agréée.
• Synchronisation bancaire et rapprochement automatique des transactions avec les justificatifs.
• Tenue en comptabilité d'engagement : créances clients, dettes fournisseurs, TVA collectée et déductible.
• Production ou alimentation de la liasse 2065 et des déclarations de TVA, ou accès direct pour votre expert-comptable.
• Notes de frais et comptes d'associés si le dirigeant avance des dépenses ou se rémunère en dividendes.
• Export du fichier des écritures comptables (FEC), indispensable en cas de contrôle ou de changement de cabinet.

Les prix : le comparatif en un coup d'œil

Logiciel seul ou cabinet en ligne : avantages et limites

Un logiciel seul coûte moins cher et vous laisse la main, mais la responsabilité du bilan et de la liasse reste la vôtre : il faut soit des compétences internes, soit un expert-comptable pour la clôture. Un cabinet en ligne coûte davantage chaque mois, mais il produit les comptes annuels, les déclarations fiscales et, selon le pack, les formalités juridiques de l'assemblée annuelle. Une plateforme collaborative comme Pennylane se situe entre les deux : vous tenez le quotidien, votre cabinet valide et clôture dans le même outil.

Les pièges fréquents

• Prendre un outil d'auto-entrepreneur : il ne gère pas la comptabilité d'engagement d'une SAS à l'IS. Vous le paierez au premier bilan.
• Ignorer la facturation électronique : un outil non compatible aujourd'hui, c'est une migration forcée d'ici 2027.
• Croire que le logiciel remplace l'expert-comptable : pour le bilan et la 2065, l'accompagnement reste la norme en SAS, même avec le meilleur outil.
• Choisir le moins cher : une SAS qui grandit (associés, salariés, TVA) a besoin d'un outil qui suit. Le prix du jour est un mauvais critère.

Comment choisir son logiciel de comptabilité pour une SAS, TPE ou PME

Identifiez d'abord votre profil parmi les trois décrits en haut de page. Une SAS en démarrage sans salarié peut se contenter d'un outil de facturation et de pré-comptabilité couplé à un expert-comptable ; une TPE qui embauche gagne à centraliser banque, factures et comptabilité dans une plateforme partagée avec son cabinet ; une PME avec un service comptable internalise la tenue dans un logiciel complet. Demandez ensuite un devis aux éditeurs qui collent, profitez des périodes d'essai gratuites, et comparez les solutions juste en dessous avant de signer.