Logiciel de facturation électronique : 16 solutions comparées pour TPE et PME

Un logiciel de facturation électronique crée vos factures dans un format structuré (UBL, CII ou Factur-X) et les envoie à vos clients par une plateforme agréée par l'État. Depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie à la TVA doit pouvoir recevoir ses factures de cette façon, micro-entreprises comprises. Les PME, TPE et micro-entreprises devront aussi les émettre à partir du 1er septembre 2027. Un PDF envoyé par mail ne compte pas comme une facture électronique.

Chaque logiciel de ce comparatif a été vérifié sur la liste officielle des plateformes agréées publiée par la DGFiP (mise à jour le 22 septembre 2026), et le prix de la facturation électronique, avec ses limites, a été relevé le 27 octobre 2026 sur le site de chaque éditeur. Beaucoup de logiciels se disent « conformes 2026 » : la liste officielle permet de savoir lesquels sont réellement plateformes agréées, et lesquels passent par celle d'un partenaire.

Sélection en bref : quel logiciel pour quel besoin

Une sélection par usage, établie sur le statut officiel, les prix et les limites publiés. Ce n'est pas un classement payé : certains éditeurs achètent une mise en avant sur cette page, sans effet sur ce texte. Les offres sont classées par profil d'entreprise : indépendant, TPE ou PME.

• Pour une facturation électronique gratuite et agréée : Tiime, Indy, Abby, Qonto, Dougs ou Shine Facture, toutes plateformes agréées avec une offre à 0 €.
• Pour une TPE ou une PME qui veut facturer, relancer et suivre ses clients : Sellsy, plateforme agréée, avec CRM, relances automatiques et paiement en ligne.
• Pour le plus petit budget payant : TeamSystem Facture, dès 3,90 € HT par mois pour la réception, 9,90 € avec l'émission.
• Pour facturer et tenir sa comptabilité dans le même outil : Sage 50, avec la plateforme agréée de Sage incluse.
• Pour un auto-entrepreneur : Solo, plateforme agréée, réception gratuite et émission dès 12 € HT par mois, ou une offre gratuite comme Abby ou Indy.

Facturation électronique : ce qui est obligatoire, et quand

• Elle passe obligatoirement par une plateforme agréée (PA), qui l'envoie au client et transmet une partie des données à l'administration.
• Il n'existe pas de plateforme publique gratuite : le portail public de facturation (PPF) sert d'annuaire et de concentrateur des données pour l'administration, pas d'outil pour envoyer vos factures.
• Quatre nouvelles mentions s'ajouteront aux factures au même calendrier que l'émission : le SIREN du client, l'adresse de livraison si elle diffère, la nature des opérations (biens, services ou les deux) et, le cas échéant, l'option pour le paiement de la TVA d'après les débits.

Différence entre facture électronique, PDF et dématérialisation

Une vraie facture électronique est un fichier de données structurées, au format UBL, CII ou mixte (Factur-X, qui associe les données et une image de la facture). Un PDF fait sous un traitement de texte et envoyé par mail n'en est pas une : c'est une facture dématérialisée, mais pas une facture électronique au sens de la réforme, car elle ne passe pas par une plateforme agréée et ses données ne sont pas lisibles par une machine.

Plateforme agréée, solution compatible, PPF : qui fait quoi ?

• Une plateforme agréée (PA, anciennement PDP) est immatriculée par l'administration pour 3 ans renouvelables. Elle doit être certifiée ISO 27001, réussir des tests d'interopérabilité et un audit de conformité, et ne pas transférer les données hors de l'Union européenne. Au 22 septembre 2026, la liste officielle compte 149 plateformes immatriculées et 14 dossiers en attente des tests d'interopérabilité.
• Une solution compatible (SC) est un logiciel de facturation qui n'est pas immatriculé : il prépare vos factures et les fait passer par une PA partenaire. C'est le cas d'Henrri, d'Evoliz (raccordé à Chaintrust by Visma) ou de TeamSystem Facture (qui passe par la PA de Sellsy).
• Le portail public (PPF) tient l'annuaire central, mis à jour chaque jour, qui indique la plateforme de réception de chaque entreprise.

Faut-il un logiciel de facturation ? Pas forcément, selon la DGFiP : vous pouvez saisir vos factures directement sur une plateforme agréée. Si vous avez déjà un logiciel, vous pouvez le garder s'il est raccordé à au moins une PA.

Comparatif des offres de facturation électronique en 2026

Statut vérifié sur la liste officielle de la DGFiP du 22 septembre 2026, prix relevés le 27 octobre 2026 sur le site de chaque éditeur.

Les logiciels de facturation électronique en détail

Sellsy : CRM, relances et suivi client pour TPE et PME

Sellsy est immatriculé plateforme agréée depuis le 24 décembre 2025, au nom de TeamSystem Sellsy. C'est une suite complète : devis et factures, relances automatiques, paiement en ligne et prélèvement via Stripe et GoCardless, pré-comptabilité, CRM, et un connecteur vers Pennylane parmi plus de 100 applications. L'offre Standard affiche 49 € HT par utilisateur et par mois avec un engagement de 12 mois, 2 utilisateurs minimum et 100 factures par mois. Pour une TPE ou une PME qui veut suivre ses clients de la proposition à l'encaissement.

TeamSystem Facture : l'offre payante la moins chère

TeamSystem Facture, du même groupe que Sellsy, vise les indépendants et les petites entreprises avec des prix bas : 3,90 € HT par mois en annuel pour l'offre qui reçoit les factures électroniques, 9,90 € pour émettre, 19,90 € pour l'offre complète, avec 14 jours d'essai. Les offres sont plafonnées de 120 à 1 200 factures B2B par an. TeamSystem Facture n'est pas lui-même plateforme agréée : il passe par la plateforme de Sellsy.

Sage 50 et Sage Active : facturation et comptabilité pour TPE et PME

Sage est plateforme agréée depuis le 22 décembre 2025. Sage 50 inclut la connexion à cette plateforme dans son abonnement : pack Comptabilité dès 21 € HT par mois jusqu'à 3 utilisateurs, et Comptabilité + Facturation dès 38 € HT. Sage Active, la gamme en ligne, inclut la facturation électronique sans frais supplémentaires. Le bon choix pour une PME qui veut que ses factures alimentent directement sa comptabilité.

Solo : la plateforme des auto-entrepreneurs

Solo, pensé pour les auto-entrepreneurs, est plateforme agréée depuis le 16 février 2026. Son offre Start, gratuite, permet de recevoir des factures électroniques mais pas d'en créer. L'émission commence à l'offre Go, à 12 € HT par mois, puis Pro à 19,90 € et Premium à 34,90 €.

Shine Facture : gratuite avec ou sans compte pro

Shine Facture, plateforme agréée depuis le 21 mai 2026, propose la réception et l'émission gratuitement, avec ou sans compte pro Shine, « sans limites » selon l'éditeur. L'offre Start coûte 9 € HT par mois en annuel. EBP oriente ses clients vers la plateforme de Shine, et Shine Facture succède progressivement à Zervant.

Tiime, Indy et Abby

• Tiime : plateforme agréée depuis le 18 décembre 2025, offre Free gratuite (inscription à la PA Tiime), puis Initial à 9,99 € HT par mois en annuel, avec la collaboration avec l'expert-comptable sur l'offre Smart.
• Indy : plateforme agréée depuis le 9 janvier 2026, offre Essentiel gratuite avec devis et factures illimités, comptabilité automatisée incluse.
• Abby : plateforme agréée depuis le 29 janvier 2026, offre Basique gratuite, Start à 9 € HT par mois, avec les déclarations Urssaf.

Qonto, Dougs et Pennylane

• Qonto : plateforme agréée, facturation électronique gratuite dans toutes les offres, avec ou sans compte pro, « sans limite ».
• Dougs : l'expert-comptable en ligne a sa propre plateforme agréée, gratuite « sans limite de volume », e-reporting inclus.
• Pennylane : plateforme agréée depuis le 11 décembre 2025, gratuite pour les micro-entreprises sans TVA (1 utilisateur, 1 200 factures par an), et incluse sans surcoût dans les offres payantes, à partir de 7 € HT par mois avec le compte pro.

Henrri et Evoliz

• Henrri : gratuit, avec l'émission et la réception illimitées dans la formule Pro. Ce n'est pas une plateforme agréée : il passe par une PA partenaire qu'il ne nomme pas.
• Evoliz : 29 € HT par mois (290 € par an), factures illimitées. Il n'est pas plateforme agréée et passe par la plateforme Chaintrust by Visma.

Axonaut : la suite de gestion tout-en-un

Axonaut, plateforme agréée depuis le 8 janvier 2026, est une suite de gestion tout-en-un pour les petites entreprises. D'après sa FAQ tarifaire, l'abonnement coûte 97 € HT par mois pour un utilisateur sans engagement, plus 30 € par mois par utilisateur supplémentaire, avec des remises pour un engagement d'un à trois ans.

Docaposte et Esker, pour les grandes entreprises

Docaposte, via sa filiale SERES, et Esker sont plateformes agréées depuis le 11 décembre 2025, parmi les toutes premières. Docaposte affiche une offre Starter à 19 € HT par mois, Standard à 69 € et Avancé à 149 €. Esker répond sur contact. Les deux visent les entreprises aux volumes importants.

Automatisation : relances, paiements et pré-comptabilité

Au-delà de l'obligation, un logiciel de facturation électronique fait gagner du temps sur tout le cycle client, de la facture à son rapprochement en comptabilité :

• Relances automatiques des impayés : incluses chez Sellsy et dans l'offre Plus d'Indy.
• Paiement en ligne et prélèvement : Sellsy les propose via Stripe et GoCardless.
• E-reporting automatisé : Dougs transmet automatiquement les données des ventes aux particuliers et à l'international.
• Pré-comptabilité et saisie : Indy automatise la comptabilité dès son offre gratuite, Evoliz traite les documents d'achat par IA, Sage 50 et Pennylane relient directement factures et comptabilité.

Pour centraliser factures clients et fournisseurs dans un même outil, privilégiez une plateforme qui gère à la fois l'émission et la réception, et qui se connecte au logiciel comptable ou à l'expert-comptable.

Facturation électronique gratuite : quelles plateformes agréées ?

D'après la FAQ de la DGFiP, « au 1er août 2026, plus d'une dizaine de plateformes sur les 150 agréées par l'Etat proposaient des offres de services gratuites ou sans surcoût ». Parmi celles de ce comparatif, la facturation électronique est gratuite chez :

• Tiime, Indy, Abby, Shine Facture, Qonto et Dougs, plateformes agréées, réception et émission comprises ;
• Pennylane, pour les micro-entreprises sans TVA ;
• Solo, pour la réception seulement ;
• Henrri, solution compatible gratuite qui passe par une plateforme partenaire.

Vérifiez les limites avant de choisir : nombre de factures par an, nombre d'utilisateurs, statut juridique accepté. Et gardez en tête que la plateforme ne vous dispense pas de conserver vos factures : cette obligation reste à la charge de l'entreprise. Les auto-entrepreneurs trouveront une sélection dédiée parmi les logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs.

Combien coûte un logiciel de facturation électronique ?

• 0 € : une dizaine de plateformes agréées ont une offre gratuite, citées ci-dessus.
• De 3,90 à 20 € HT par mois : les offres simples pour indépendants et petites entreprises (TeamSystem Facture, Shine Facture Start, Tiime Initial, Solo, Henrri Expert).
• De 21 à 50 € HT par mois : les logiciels qui ajoutent la gestion commerciale ou la comptabilité (Sage 50, Evoliz, Sellsy à 49 € par utilisateur).
• Au-delà : les suites tout-en-un (Axonaut à 97 € HT sans engagement) et les plateformes des grandes entreprises, sur devis.

Pour une TPE qui émet quelques dizaines de factures par mois, une offre gratuite ou à moins de 20 € suffit le plus souvent. Si vous avez déjà un logiciel de facturation, demandez d'abord à votre éditeur s'il est plateforme agréée ou à quelle PA il est raccordé, et si la facturation électronique est incluse sans surcoût.

Combien coûte une solution qui permet uniquement la réception ?

Recevoir ses factures électroniques peut ne rien coûter : Solo propose la réception dans son offre Start gratuite, et les plateformes agréées gratuites (Tiime, Indy, Abby, Shine Facture, Qonto, Dougs) incluent la réception. Chez TeamSystem Facture, l'offre limitée à la réception coûte 3,90 € HT par mois en annuel.

Qui n'est pas concerné par la facturation électronique ?

L'obligation d'émettre ne vise pas :

• les opérations exonérées de TVA, comme les soins médicaux ;
• les opérations hors du champ de la TVA ;
• les associations non assujetties à la TVA ;
• les holdings passives ;
• les entreprises qui ne sont pas établies en France, qui peuvent en revanche avoir des données à transmettre (e-reporting).

En revanche, toute entreprise assujettie à la TVA, y compris en franchise en base, doit pouvoir recevoir des factures électroniques par une plateforme agréée. Et les ventes aux particuliers ou à l'étranger ne donnent pas lieu à une facture électronique, mais à une transmission de données : l'e-reporting. La DGFiP le dit clairement : une entreprise soumise à l'obligation « ne peut pas organiser durablement son fonctionnement cible en dehors du dispositif ».

Les sanctions prévues, et la tolérance de 2026

La loi de finances pour 2026 a fixé les amendes dans le Code général des impôts :

• 50 € par facture non émise au format électronique, dans la limite de 15 000 € par année civile (article 1737) ;
• 500 € par transmission d'e-reporting manquée, dans la limite de 15 000 € par an (article 1788 D) ;
• pas de plateforme de réception : mise en demeure, puis 500 € au bout de trois mois, puis 1 000 € par nouvelle période de trois mois ;
• pas d'amende pour une première infraction réparée spontanément ou dans les trente jours suivant la demande de l'administration.

Pour 2026, la DGFiP annonce une « approche pédagogique et proportionnée » : pas de sanction pour les entreprises « engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité ». Elle précise que « cette approche ne constitue ni un report ni une suspension de l'obligation ».

L'e-reporting : ce qu'il faut transmettre, et à quel rythme

L'e-reporting concerne les opérations qui ne passent pas par une facture électronique : les ventes aux particuliers, pour lesquelles on transmet des totaux par jour et par taux de TVA sans aucune donnée personnelle, les opérations internationales, et les données de paiement des prestations de services quand la TVA est due à l'encaissement.

Le calendrier suit celui de l'émission : depuis le 1er septembre 2026 pour les grandes entreprises et les ETI, au 1er septembre 2027 pour les PME, TPE et micro-entreprises.

Comment choisir, et changer, de plateforme

1. Vérifiez le statut : plateforme agréée sur la liste officielle de la DGFiP, ou solution compatible, et dans ce cas à quelle PA elle est raccordée.
2. Regardez ce qui est inclus : réception, émission, e-reporting, et le volume de factures autorisé.
3. Pensez à votre comptabilité : une plateforme reliée à votre logiciel comptable ou à votre expert-comptable évite les ressaisies. Ces connexions sont détaillées pour chaque outil parmi les logiciels de comptabilité pour TPE et PME.
4. Désignez votre plateforme de réception : la PA inscrit votre entreprise à l'annuaire central après un accord formel, daté et signé de votre part.
5. Vous pouvez en changer à tout moment : la nouvelle plateforme a 15 jours ouvrables pour vous inscrire, et l'ancienne continue d'assurer certains services pendant un an.

Formats et conservation des factures électroniques

• Trois formats forment le socle : UBL, CII et Factur-X, un format mixte qui associe un fichier de données structurées à l'image de la facture.
• Conservation : 6 ans au titre fiscal, sous forme électronique pour une facture électronique, et 10 ans au titre du Code de commerce. Cette obligation pèse sur l'entreprise, pas sur la plateforme.

Pour comparer les logiciels de facturation au-delà de la seule réforme, consultez la page qui passe en revue l'ensemble des logiciels de facturation.