Logiciel de comptabilité TPE / PME : comparatif 2026 selon votre statut

Le bon logiciel de comptabilité pour une TPE ou une PME dépend d'abord de votre statut, pas de votre taille. Une micro-entreprise tient un simple livre des recettes. Une entreprise individuelle au réel ou une société doit produire un bilan, présenter un fichier des écritures comptables (FEC) en cas de contrôle et, depuis le 1er septembre 2026, recevoir ses factures fournisseurs au format électronique.

Pour ce comparatif, le prix des logiciels de comptabilité et des experts-comptables en ligne a été relevé le 1er octobre 2026 sur le site officiel de chaque éditeur, en précisant HT ou TTC, engagement et promotions. Les obligations sont établies sur les sources officielles : impots.gouv.fr, le BOFiP et Service-Public. Pour la comptabilité en général, voir aussi le comparatif des logiciels de comptabilité.

Vos obligations comptables selon votre statut

Les seuils de la micro-entreprise en 2026 sont de 203 100 € de chiffre d'affaires pour la vente et l'hébergement, et de 83 600 € pour les services et les professions libérales. On ne sort du régime qu'après deux années consécutives de dépassement.

Facturation électronique : ce qui change pour votre logiciel

C'est la réforme qui oblige le plus de TPE à revoir leurs outils :

• Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises, micro-entreprises comprises, doivent pouvoir recevoir des factures électroniques.
• Le 1er septembre 2027, les PME, TPE et micro-entreprises devront aussi les émettre et transmettre leurs données de transaction (e-reporting). Les grandes entreprises et les ETI y sont depuis le 1er septembre 2026.
• Il faut passer par une plateforme agréée (PA), directement ou via un logiciel raccordé à une PA. La FAQ de la DGFiP le précise : il n'y a pas de plateforme publique gratuite. La liste officielle en compte environ 150.
• Un PDF envoyé par mail n'est pas une facture électronique.
• Quatre nouvelles mentions arriveront sur vos factures au même calendrier que l'émission : le SIREN du client, l'adresse de livraison si elle diffère, la nature des opérations (biens, services ou les deux) et, le cas échéant, l'option pour le paiement de la TVA d'après les débits.

Bonne nouvelle : plusieurs logiciels de ce comparatif sont eux-mêmes des plateformes agréées, d'après leurs pages : Indy, Tiime, Abby, Axonaut, et Dougs côté expert-comptable en ligne. EBP intègre sa plateforme agréée, Sage 50 inclut la connexion à celle de Sage. Pour aller plus loin, voir le comparatif des solutions de facturation électronique.

Comparatif des prix des logiciels de comptabilité pour TPE et PME

Tarifs publics relevés le 1er octobre 2026. Les prix « en annuel » supposent un paiement ou un engagement à l'année.

Deux remarques pour lire ce tableau :

• Pennylane affiche aussi des offres de 0 à 24 € HT par mois, mais elles ne gèrent que les ventes. L'offre qui inclut la comptabilité est « Premium + Module comptable ».
• QuickBooks, souvent cité dans les comparatifs, n'est plus vendu en France : l'éditeur a coupé l'accès au 31 décembre 2023.

Les meilleurs logiciels de comptabilité pour TPE et PME en détail

Indy

Indy organise ses offres par statut (auto-entreprise, entreprise individuelle, SCI et LMNP, sociétés). L'offre Essentiel est gratuite, comptabilité automatisée incluse. L'offre Plus coûte 9 € HT par mois en annuel ou 12 € HT en mensuel, sans engagement. Pour une société, l'offre Premium, qui génère le bilan, démarre à 49 € HT par mois. Indy est immatriculé comme plateforme agréée par la DGFiP.

Tiime

Tiime propose une offre Free sans engagement, avec la facturation électronique via sa propre plateforme agréée. L'offre Initial, à 9,99 € HT par mois en annuel, vise les auto-entrepreneurs, avec 60 jours d'essai. L'offre Smart, à 17,99 € HT par mois, ajoute la collaboration avec l'expert-comptable. Son prix monte à 29,99 € HT pour une entreprise plus grande.

Abby

Abby a une offre Basique gratuite et une offre Start à 9 € HT par mois en annuel (11 € en mensuel), proposée à 5,40 € pendant une promotion au 1er octobre 2026. La comptabilité avancée commence à l'offre Pro. Abby est une plateforme agréée.

MaCompta.fr

MaCompta.fr sépare deux offres. La Comptabilité Simplifiée, pour les auto-entrepreneurs et les petites associations, coûte 7,04 € HT par mois en annuel (8 € en mensuel). La Comptabilité Complète, pour les professions libérales, artisans, commerçants et sociétés, coûte 15,40 € HT par mois en annuel (17,50 € en mensuel), avec 3 utilisateurs inclus et un mois d'essai. L'éditeur propose aussi un logiciel de paie.

Sage 50

Sage 50 vise les petites entreprises, commerçants et indépendants. Le pack Comptabilité démarre à 21 € HT par mois jusqu'à 3 utilisateurs, et le pack Comptabilité + Facturation à 38 € HT. La connexion à la plateforme agréée de Sage est incluse, avec 30 jours d'essai.

Sage Active

Sage Active, la gamme en ligne, réunit facturation, comptabilité, paie et RH dans l'offre Essentials : 49 € par mois hors TVA, proposée à 24,50 € les 3 premiers mois au 1er octobre 2026. La facturation électronique est incluse sans frais supplémentaires.

EBP Comptabilité ACTIV

EBP présente sa gamme comptable pour les TPE et PME avec une plateforme agréée intégrée pour recevoir les factures électroniques. La fiche ACTIV (un utilisateur, une société) affiche 22 € HT par mois, mais aussi « sur devis » : demandez le prix exact avant de souscrire.

Axonaut

Axonaut réunit comptabilité, CRM, facturation et trésorerie. D'après sa FAQ, l'abonnement coûte 97 € HT par mois pour un utilisateur, plus 29,99 € par utilisateur supplémentaire, avec des remises en cas d'engagement d'un à trois ans. Le titre de sa page annonce « dès 38 €/mois » et sa description d'autres montants encore : faites-vous confirmer le prix pour votre durée d'engagement. Essai de 15 jours, plateforme agréée.

Pennylane

Pennylane s'adresse aux TPE et PME qui veulent piloter leurs finances avec leur expert-comptable. L'offre avec comptabilité, « Premium + Module comptable », coûte 149 € HT par mois pour 2 utilisateurs et inclut les déclarations fiscales en EDI, les clôtures et les comptes annuels. Sans engagement, avec 15 jours d'essai. Son offre gratuite, réservée aux micro-entreprises, ne couvre que la facturation.

Odoo

Odoo permet d'utiliser une application gratuitement, Comptabilité comprise, avec des utilisateurs illimités. Au-delà, l'offre Standard coûte 19,90 € par utilisateur et par mois en annuel, une remise valable 12 mois sur un prix normal de 24,90 €. Odoo n'indique pas si ces prix sont HT ou TTC.

Logiciel seul ou expert-comptable en ligne ?

Aucun texte n'oblige une TPE à avoir un expert-comptable. Mais si vous confiez votre comptabilité à un tiers, ce doit être un expert-comptable inscrit à l'Ordre. Les experts-comptables en ligne combinent un logiciel et un professionnel, pour un prix plus élevé :

• Dougs : Pack Liberté dès 79 € HT par mois pour les sociétés, un mois offert, sans engagement, plateforme agréée intégrée.
• Keobiz : dès 89 € HT par mois pour les sociétés, 49 € HT plus 10 € HT par bien pour une SCI ou en LMNP.
• Clementine : 41 € HT par mois en annuel pour une micro-entreprise, 50 € pour une entreprise individuelle, 75 € pour l'offre Expertise.
• L-Expert-comptable.com : dès 39 € HT par mois pour les professions libérales, 69 € pour les consultants et freelances, 109 € pour les commerçants, le BTP et les restaurateurs.

Le calcul est simple : une micro-entreprise n'a presque jamais besoin d'un expert-comptable. Pour une société, l'expert-comptable en ligne coûte de 75 à 109 € HT par mois selon l'acteur et l'activité, contre 21 à 49 € HT pour un logiciel que vous tenez vous-même : la différence paie le bilan, la liasse et la responsabilité du professionnel.

Pourquoi utiliser un logiciel de comptabilité en ligne

• Moins de saisie : la connexion bancaire importe vos opérations, il ne reste qu'à les rapprocher des factures.
• Des obligations tenues : écritures verrouillées, FEC, déclarations de TVA préparées et, pour les plateformes agréées, réception des factures électroniques.
• Une vision à jour de votre trésorerie et de votre résultat, sans attendre le bilan de fin d'année.
• Un travail partagé avec votre expert-comptable, qui accède aux mêmes données au lieu de recevoir des pièces par mail.
• Pas d'installation : en ligne, l'éditeur applique lui-même les évolutions réglementaires, comme les nouvelles mentions de facture de 2027. Si vous choisissez un logiciel à installer, demandez comment les mises à jour réglementaires sont livrées.

Ce qu'un logiciel de comptabilité doit savoir faire

• Verrouiller les écritures : selon le BOFiP, une écriture validée ne peut plus être modifiée ni supprimée, et une procédure de clôture périodique est obligatoire. Sinon, le caractère probant de votre comptabilité peut être contesté.
• Produire le FEC : en cas de contrôle fiscal, une comptabilité informatisée se présente sous forme de fichier des écritures comptables. Ne pas le fournir coûte 5 000 € d'amende, ou 10 % des droits rappelés si c'est plus (article 1729 D du Code général des impôts). Les auto-entrepreneurs en sont dispensés.
• Conserver dix ans les livres, pièces et comptes annuels (Code de commerce), et six ans pour le fisc. Une facture électronique se conserve sous forme électronique.
• Rapprocher la banque automatiquement, pour supprimer l'essentiel de la saisie.
• Préparer les comptes annuels et la liasse, pour les sociétés et les entreprises au réel. Une société dépose ses comptes au greffe dans le mois qui suit leur approbation, deux mois en ligne. Ne pas les déposer coûte 1 500 € d'amende.
• Recevoir les factures électroniques via une plateforme agréée, et vous préparer à les émettre au 1er septembre 2027.

Quel logiciel de comptabilité choisir selon votre statut ?

• Micro-entreprise : une offre gratuite suffit (Indy, Tiime Free, Abby Basique), ou MaCompta.fr Simplifiée à 7,04 € HT par mois. Pour la facturation seule, voir les logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs.
• Entreprise individuelle au réel : Indy Plus, MaCompta.fr Complète ou Sage 50, qui tiennent une comptabilité complète.
• Société que vous gérez vous-même : Indy Premium (49 € HT, avec le bilan), Sage 50 ou EBP.
• Société qui veut déléguer : un expert-comptable en ligne (Dougs, Keobiz, Clementine) ou Pennylane avec votre cabinet.
• TPE qui veut un seul outil pour tout : Axonaut (CRM, facturation, comptabilité) ou Sage Active Essentials (comptabilité, facturation, paie).

Si vous avez des salariés, pensez aussi à la paie : voir le comparatif des logiciels de paie.

Existe-t-il un logiciel de comptabilité gratuit pour une TPE ?

Oui, pour les petites structures : Indy (Essentiel), Tiime (Free), Abby (Basique) et une application Odoo sont gratuits. Les offres gratuites conviennent surtout aux micro-entreprises. Une société, qui doit produire un bilan, passe presque toujours à une offre payante. Attention aux outils de facturation gratuits comme Henrri : ils ne tiennent pas la comptabilité et se connectent à un logiciel comptable. Voir la sélection de logiciels de comptabilité gratuits.

Comment choisir : les 6 questions à se poser

1. Quel est votre statut ? Il fixe vos obligations, donc le niveau de logiciel nécessaire.
2. Le logiciel est-il une plateforme agréée, ou raccordé à une ? C'est indispensable pour recevoir vos factures depuis le 1er septembre 2026.
3. Produit-il le bilan et la liasse fiscale ? Indispensable pour une société.
4. Votre expert-comptable peut-il y accéder ? Demandez-lui avec quel outil il travaille avant de choisir.
5. Quel est le vrai prix ? En annuel ou en mensuel, avec ou sans promotion, par utilisateur ou forfaitaire.
6. Pouvez-vous exporter vos données ? Le FEC et l'historique doivent pouvoir partir avec vous si vous changez d'outil.