Comment choisir une agence e-commerce en 2025 ? Le guide complet (Shopify, Prestashop, WooCommerce…)

En 2025, lancer ou refondre une boutique en ligne n’a rien d’un simple projet “technique”. Entre l’explosion du mobile, le poids croissant de l’expérience utilisateur, l’importance du marketing automation, la concurrence internationale et l’arrivée massive de l’IA dans le e-commerce, le choix d’une agence e-commerce est devenu stratégique.

Que vous envisagiez Shopify, Prestashop, WooCommerce, Magento ou une architecture headless, le bon partenaire fera la différence entre une boutique qui plafonne et une machine à vendre.

Dans ce guide, La Fabrique du Net vous donne méthodologie, critères concrets, signaux d’alerte, questions à poser et risques à éviter pour choisir la meilleure agence e-commerce en 2025.

Définir vos besoins avant de chercher une agence e-commerce

Avant de comparer les agences, une entreprise doit définir un périmètre fonctionnel et technique suffisamment clair pour permettre une évaluation objective.

Comprendre la maturité de votre modèle e-commerce

Votre agence ne doit pas “faire un site”, elle doit accompagner votre modèle économique.
Il existe 4 grands profils e-commerce :

1. E-commerce simple : < 300 produits, logistique standard, tunnel simple.
2. E-commerce intermédiaire : catalogue plus large, segmentation, besoins marketing avancés.
3. E-commerce complexe : multi-entrepôts, ERP obligatoire, B2B, variantes multiples.
4. E-commerce international / omnicanal : multi-devise, multi-boutique, PIM, OMS, headless.

Une agence adaptée à un niveau n’est pas nécessairement compétente sur les autres.

Formaliser les exigences structurelles

Une sélection sérieuse commence par une expression de besoins intégrant :

• architecture cible (monolithique Shopify, CMS Prestashop, WooCommerce, Shopify headless…),
• contraintes SEO (structure catégorielle, filtres, réindexation…),
• contraintes catalogue (variantes, multi-références, fournisseurs…),
• logique de prix (B2B, tarifs par groupe, remises dynamiques),
• logistique (dropshipping, stock interne, WMS, OMS),
• connecteurs critiques (ERP, PIM, CRM, OMS, transporteurs),
• enjeux marketing (automation, segmentation, AOV, CRO).

Une agence sérieuse refusera de vous chiffrer un projet sans ce niveau de précision.

Choisir la plateforme adaptée : Shopify, Prestashop, WooCommerce, Headless… un choix stratégique

La mauvaise plateforme entraîne surcoûts, limitations, perte de performance et dette technique.

Shopify : l’efficacité opérationnelle

Shopify excelle sur :

• les DNVB, retail, mode, cosmétiques,
• les projets où la rapidité d’exécution est clé,
• les boutiques internationales,
• les opérations marketing intensives (upsell, bundles, abonnements).

Avantages : stabilité, checkout optimisé, écosystème mature.
Limites : personnalisation profonde difficile sans headless, dépendance au SaaS.

Prestashop : la maîtrise fonctionnelle

Pertinent pour :

• les catalogues complexes,
• le marché français/européen,
• les logiques prix complexes,
• les boutiques B2B.

Avantages : flexibilité, indépendance, modules nombreux.
Limites : qualité variable, maintenance plus lourde.

WooCommerce : l’extension naturelle de WordPress

Adapté pour :

• petites boutiques,
• sites où le contenu éditorial est central.

Avantages : coût initial réduit, SEO puissant.
Limites : sécurité, performance mobile.

Headless (Shopify + Next.js, Prestashop API + front custom…)

Cible :

• projets à très forte exigence UX/mobile,
• internationalisation avancée,
• scalabilité, performance extrême.

Avantages : vitesse, expérience sur mesure.
Limites : coût et complexité élevée.

Les critères experts pour évaluer une agence e-commerce

1. Capacité à travailler avec une architecture moderne

Une agence e-commerce compétente doit maîtriser :

• API REST/GraphQL,
• architectures headless ou hybrides,
• CI/CD,
• environnements de staging isolés,
• optimisation des Core Web Vitals.

Si elle ne parle jamais d’architecture → inquiétant.

2. Expertise UX/UI orientée conversion

En e-commerce, le design n’est pas esthétique, il est économique.

L’agence doit être capable de :

• structurer votre catalogue (rules-based UX),
• optimiser le tunnel d’achat,
• concevoir une navigation mobile-first,
• intégrer la psychologie utilisateur (heuristics, frictions),
• conduire des tests utilisateur ou A/B.

Demandez des livrables réels :

• arborescences,
• wireframes fonctionnels,
• prototypes,
• analyses CRO.

3. Maîtrise du SEO technique e-commerce

Le SEO e-commerce est le plus complexe du SEO technique :

• gestion des filtres (canonical vs indexation),
• optimisation des catégories,
• performance sur mobile,
• gestion des variantes,
• internationalisation (hreflang, multi-domaines),
• données structurées (produit, breadcrumb…),
• stratégie de pagination.

Une agence qui dit “on optimise les balises” → non.

Une vraie agence e-commerce connaît ces sujets.

4. Intégrations : ERP, WMS, PIM, OMS — la zone où tout se joue

90 % des projets e-commerce échouent non pas sur le site…
mais sur les flux.

Une agence doit avoir une expérience concrète des intégrations :

• ERP (Sage, SAP, Divalto, Odoo, Wavesoft, EBP…),
• PIM (Akeneo, Plytix),
• WMS, OMS,
• connecteurs transporteurs,
• synchronisation catalogue → stock → commandes → facturation.

Sans cette expertise, le projet déraille (retards, surcoûts, instabilité).

5. Gouvernance projet et rigueur méthodologique

Une agence sérieuse dispose :

• d’un chef de projet senior / PM,
• d’un process clair (cadrage → UX → dev → QA → lancement → optimisation),
• d’un plan de test structuré,
• de rituels hebdomadaires,
• d’un système de ticketing interne documenté.

Pas de PM = chaos.

6. Capacité d’accompagnement long terme

La question n’est pas “livrent-ils un site ?”
mais “peuvent-ils faire croître vos ventes sur 2-3 ans ?”

Indispensable :

• support,
• maintenance,
• optimisations de conversion régulières,
• roadmap produit,
• automatisation marketing (Klaviyo, Customer.io…),
• évolutions front & back.

Les signaux d’alerte (red flags) que les entreprises ignorent trop souvent

🚩 L’agence ne demande quasiment aucune information avant de chiffrer

Cela signifie :

• incompréhension du business model,
• sous-estimation fonctionnelle,
• risque explosif de dépassement de budget.

🚩 Aucun staging / aucune QA structurée

Un projet sans QA → bugs → perte de revenus → perte de confiance.

🚩 “Nous faisons Shopify, Prestashop, WooCommerce, Magento, React, Vue, Symfony…”

Une agence sérieuse spécialise ses équipes.

🚩 Tarifs trop bas

En e-commerce, “pas cher” signifie toujours “trop cher sur la durée”.

🚩 Pas de références vérifiables

Sans cas concrets → pas de maturité.

Les questions réellement utiles à poser à une agence

1. Quels risques identifiez-vous sur mon projet ?
   (une bonne agence répond sans hésiter)
2. Comment gérez-vous les flux avec ERP / WMS ?
   (une agence faible dévie immédiatement)
3. Quel est votre process QA en staging ?
   (révélation totale du professionnalisme)
4. Quels résultats concrets (KPI) avez-vous obtenus pour vos clients ?
   (pas des “sites réussis” → des chiffres)
5. Qui compose l’équipe projet ?
   (un projet e-commerce ≠ un développeur seul)
6. Comment structurez-vous le catalogue ?
   (UX e-commerce = variable N°1 de conversion)
7. Pouvez-vous décrire votre approche performance + Core Web Vitals ?

Conclusion

Choisir une agence e-commerce en 2025 ne se résume pas à comparer des portfolios.
C’est une démarche stratégique qui demande d’évaluer :

• la maturité technique de l’agence,
• sa compréhension du modèle économique,
• sa capacité à gérer les flux,
• sa maîtrise des plateformes (Shopify, Prestashop, WooCommerce…),
• son approche UX/SEO,
• son process projet,
• sa capacité à vous accompagner sur plusieurs années.

Une “agence web” construit un site.
Une agence e-commerce experte construit un levier de revenus, scalable et durable.

Et c’est exactement ce que vous devez rechercher.