Logiciel comptabilité en ligne : seul, avec votre cabinet ou avec un expert-comptable

Un logiciel de comptabilité en ligne s’utilise dans le navigateur : les écritures, les justificatifs et les déclarations restent sur les serveurs de l’éditeur, et chaque personne autorisée (vous, un associé, votre expert-comptable) se connecte au même dossier. Cette page ne classe pas tous les logiciels comptables du marché : elle compare les trois façons de tenir sa comptabilité en ligne, et ce que chacune coûte réellement. Pour un panorama général, logiciels installés compris, consultez le comparatif logiciel comptabilité.

La vraie question n’est pas seulement « quel logiciel », mais « qui tient la comptabilité » : vous seul dans un outil en ligne, vous et votre cabinet dans le même outil, ou un expert-comptable en ligne qui fournit l’application avec son forfait. Les prix cités ont été relevés en octobre 2026 sur les pages tarifaires officielles des éditeurs, hors promotions, en euros hors taxes sauf mention contraire.

Qu’est-ce qu’un logiciel de comptabilité en ligne, et qui tient la plume ?

Le logiciel n’est pas installé sur un ordinateur : il fonctionne en mode SaaS, par abonnement. L’éditeur héberge les données, applique les mises à jour (formulaires fiscaux, facturation électronique) et ouvre des accès à plusieurs personnes. Trois formules coexistent, et un même éditeur peut en proposer deux à des prix très différents.

Formule 1 : vous tenez seul votre comptabilité dans le navigateur

Vous catégorisez les opérations bancaires, rattachez les justificatifs, préparez la TVA et produisez le bilan avec l’aide du logiciel. C’est la formule la moins chère. Elle convient à une comptabilité simple et à un dirigeant qui accepte d’y consacrer un peu de temps chaque mois. Le logiciel contrôle la cohérence des écritures, mais personne ne valide vos choix comptables.

Formule 2 : le logiciel en ligne partagé avec votre cabinet

Vous gardez votre expert-comptable, ou vous en choisissez un, et vous travaillez tous les deux dans le même outil. Vous déposez les pièces au fil de l’eau, le cabinet révise et produit les comptes annuels. L’abonnement au logiciel et les honoraires du cabinet sont alors deux factures distinctes.

Formule 3 : l’expert-comptable en ligne, application incluse

Un cabinet d’expertise comptable vend un forfait mensuel qui comprend son application, la révision, le bilan et la liasse fiscale. Le prix est plus élevé, mais il inclut le travail d’un professionnel. Une entreprise peut tenir elle-même sa comptabilité ; si elle décide de la confier à un professionnel, elle doit s’adresser à un expert-comptable inscrit au tableau de l’ordre.

Prix de la comptabilité en ligne : tableau comparatif des offres

Le tableau reprend le prix d’entrée de l’offre qui couvre la comptabilité (et non la seule facturation), tel qu’affiché par chaque éditeur en octobre 2026. Les prix « dès » dépendent souvent du statut, du chiffre d’affaires ou du nombre d’utilisateurs.

Ces montants ne se comparent pas ligne à ligne : un forfait d’expert-comptable en ligne inclut le bilan et la liasse, qu’un logiciel seul vous laisse produire. Comparez plutôt le coût annuel de votre formule complète : abonnement, modules, télétransmissions, et honoraires du cabinet le cas échéant.

Sélection : six logiciels pour tenir sa comptabilité soi-même en ligne

macompta.fr : la comptabilité complète à petit prix, module par module

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Éditeur basé à Lagord, macompta.fr vend chaque logiciel séparément. La version Simplifiée (8,00 € HT par mois) vise les auto-entrepreneurs et les petites associations : connexion bancaire, imputations automatiques, bilan et résultat. La version Complète (17,50 € HT par mois, 15,40 € en paiement annuel) ajoute la gestion de la TVA, le lettrage des comptes de tiers, l’analytique et les tableaux de soldes intermédiaires de gestion. Les déclarations fiscales (liasse et TVA, télétransmission EDI) forment un module à 9,94 € HT par mois. Trois utilisateurs sont inclus sans surcoût, et l’abonnement démarre par un mois d’essai gratuit.

Zefyr : un prix fixé par votre chiffre d’affaires, suite complète incluse

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Zefyr se présente comme pionnier de la comptabilité en ligne depuis 2001, développé et hébergé en France, certifié ISO 27001. L’abonnement ouvre toute la suite (comptabilité, facturation électronique, notes de frais, immobilisations, stocks, CRM) et son prix dépend du chiffre d’affaires : 14 € HT par mois jusqu’à 12 k€, 25 € jusqu’à 50 k€, 35 € jusqu’à 100 k€, 45 € jusqu’à 200 k€. Seuls les services télétransmis s’ajoutent : 10 € HT par bulletin de paie et 55 € HT pour l’envoi EDI de la liasse fiscale, une fois par exercice. Vos associés, vos salariés et votre expert-comptable y accèdent sans supplément. L’essai dure 30 jours, sans carte bancaire.

Indy : gratuit pour démarrer, payant pour les déclarations

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Testé par Claire Lambert

Indy couvre les micro-entrepreneurs, les entreprises individuelles, les SCI et loueurs en meublé non professionnels, et les sociétés (SAS, SASU, SARL, EURL). L’offre Essentiel à 0 € comprend la facturation électronique via une plateforme agréée et la comptabilité automatisée, mais pas les déclarations fiscales obligatoires. Pour une société, l’offre Premium coûte 49 € HT par mois facturés à l’année (588 € HT), ou 59 € HT au mois : génération du bilan et du compte de résultat, TVA et CFE télétransmises. L’option Expert-Comptable, dès 108 € HT par mois (1 296 € HT à l’année), ajoute un expert-comptable partenaire qui valide le bilan et les déclarations. Plus de 300 banques peuvent être synchronisées. Indy ne traite pas encore la location meublée professionnelle, l’activité agricole ni les sociétés à l’IR.

Sage Active : la version en ligne de Sage pour les petites entreprises

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Sage Active est la solution en ligne de Sage pour les petites entreprises. L’offre Essentials (49 € HT par mois) regroupe facturation, comptabilité, paie et RH, pour 1 entreprise, 10 utilisateurs et 1 salarié inclus. Sage la destine aux petites entreprises qui ont un comptable interne, et met en avant la collaboration avec un expert-comptable externe et le rapprochement bancaire. L’offre Starter (25 € HT par mois) se limite à la facturation. Un mois d’essai gratuit est proposé ; la réduction temporaire affichée n’est pas reprise ici.

Odoo Comptabilité : gratuit tant qu’il reste la seule application

Odoo est une suite de gestion modulaire. Son plan « Une App Gratuite » est à 0 € pour une seule application, avec un nombre illimité d’utilisateurs, sur Odoo Online : si la comptabilité est cette application unique, elle ne coûte rien. Dès qu’une deuxième application s’ajoute (ventes, stock, CRM), la base passe sur un plan payant facturé par utilisateur et par mois. Odoo annonce une synchronisation avec 28 000 banques dans le monde. C’est un outil international : faites vérifier par votre cabinet le paramétrage français (plan comptable, TVA, FEC) avant de vous engager.

Sinao : facturation gratuite, comptabilité à partir de l’offre Standard

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Sinao vise les indépendants et les TPE. L’offre Free (0 €) sert à faire ses devis et factures. La comptabilité commence avec l’offre Standard, à 25 € HT par mois facturés à l’année (30 € HT au mois) : déclaration et paiement de la TVA, rapprochement bancaire automatique, plan comptable et export FEC. La connexion peut être protégée par une double authentification (2FA).

Logiciels en ligne pensés pour travailler avec un cabinet comptable

Ces outils visent les entreprises qui gardent un expert-comptable. Le logiciel sert de point de rencontre : vous déposez les pièces et catégorisez les opérations, le cabinet révise dans le même dossier, sans export de fichiers ni double saisie.

Pennylane : gestion financière et module comptable dans le même outil

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Pennylane facture ses plans selon les fonctions ouvertes. Pour un indépendant (EI, SASU, EURL, SCI), Starter coûte 7 € HT par mois (compte pro Pennylane requis), Basique 14 € et Essentiel 24 € ; Starter comprend déjà un accès comptable pour votre cabinet, et tous les plans sont conformes à la facturation électronique. Le plan Premium + Module comptable, à 79 € HT par mois pour 1 utilisateur, est recommandé aux profils comptables : déclarations fiscales en EDI (TVA, liasse), clôtures mensuelles et annuelles avec module de révision, édition des comptes annuels. Chaque plan inclut jusqu’à 1 200 factures par an, et l’essai dure 15 jours. Pennylane édite aussi un logiciel de production comptable pour les cabinets : si le vôtre l’utilise, vous travaillez directement dans son outil.

Tiime : gratuit pour l’entreprise, relié à 3 000 cabinets partenaires

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L’offre Free de Tiime est gratuite, sans carte bancaire : facturation électronique via la plateforme agréée, devis et factures illimités, livre de recettes. L’offre Initial coûte 9,99 € HT par mois facturés à l’année (119,88 € HT), avec deux mois d’essai ; l’offre Smart (17,99 € HT par mois) ajoute la synchronisation illimitée des comptes bancaires, les notes de frais, le multi-utilisateur et la collaboration complète avec votre expert-comptable. Vous pouvez y inviter votre cabinet ou en choisir un parmi les 3 000 cabinets partenaires : transactions et justificatifs sont partagés pour la TVA et le bilan, sans transfert ni double saisie.

Evoliz : la pré-comptabilité qui alimente le logiciel du cabinet

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Testé par Camille Deneu

Evoliz se concentre sur la gestion courante : devis et factures, documents d’achat traités par IA, paiements fournisseurs, synchronisation des comptes bancaires, plateforme agréée incluse. Côté comptabilité, il tient les journaux (ventes, achats, caisse, banque, opérations diverses) et exporte balance et grand livre au format FEC, compatibles avec les outils de production comptable. La formule Essentielle coûte 29 € HT par mois (290 € HT à l’année), l’Avancée 49 € HT ; l’essai dure 15 jours. C’est un choix logique si votre cabinet produit le bilan dans son propre logiciel.

Expert-comptable en ligne : l’abonnement qui inclut le bilan

Ici, vous n’achetez pas un logiciel mais une mission comptable, livrée avec une application web et mobile. Le cabinet prend en charge le bilan et la liasse ; vous gardez la collecte des pièces et la catégorisation, guidée par l’application. Pour comparer ces services de comptabilité en ligne, regardez ce qui est inclus (TVA déclarée par le cabinet ou par vous, approbation des comptes, paie) plus que le prix d’appel.

Dougs : des forfaits par statut, bilan attesté

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Dougs est un cabinet d’expertise comptable inscrit à l’ordre des experts-comptables. Pour une SASU, SAS, EURL ou SARL, le Pack Liberté démarre à 79 € HT par mois : bilan attesté par un expert-comptable, préparation de la TVA et de la CFE, liasse fiscale transmise au centre des impôts, conseil illimité. Le Pack Sérénité (dès 99 € HT) ajoute la télédéclaration en un clic et le procès-verbal d’assemblée, le Pack Exclusivité (dès 129 € HT) un comptable dédié. Les professions libérales et les BNC ont un pack Essentiel à 49 € HT. La plateforme agréée de facturation électronique est incluse sans surcoût, et l’offre est sans engagement.

Clementine : de la micro-entreprise à la société à l’IS

Clementine Site officiel Voir la fiche

Clementine affiche ses tarifs par situation : 49 € HT par mois pour une micro-entreprise, 59 € HT pour une entreprise individuelle. L’offre Expertise (89 € HT par mois, ou 890 € HT en un paiement annuel) comprend l’application web et mobile, la synchronisation bancaire, la saisie automatisée, le bilan avec attestation, la liasse fiscale produite par le cabinet et la déclaration d’IS ; la TVA se déclare en trois clics dans le logiciel. Les offres Accompagnement (139 € HT) et Premium (199 € HT) ajoutent conseils et suivi personnalisé. L’examen des comptes est fait par un expert-comptable inscrit au tableau de l’ordre.

Keobiz : un chargé de mission dédié, prix sur devis

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Keobiz se présente comme un cabinet inscrit à l’Ordre, en ligne « mais pas que » : un chargé de mission dédié à votre secteur prend le dossier en main, avec un outil de collaboration et une plateforme agréée de facturation électronique. La page d’accueil annonce un expert-comptable en ligne « à partir de 89 € par mois », sans préciser HT ou TTC ; le prix exact se fixe sur devis.

Avantages et limites de la comptabilité dans le navigateur

Ce que le passage en ligne change au quotidien

• Accès partout : le dossier s’ouvre depuis n’importe quel ordinateur, Mac ou PC, et souvent depuis une application mobile qui photographie les reçus.

• Mises à jour incluses : formulaires fiscaux et évolutions réglementaires sont appliqués par l’éditeur, sans réinstallation.

• Accès partagés : associés, salariés et cabinet travaillent sur le même dossier, chacun avec ses droits.

• Saisie plus rapide : les opérations remontent de la banque, les factures d’achat sont lues automatiquement et des règles proposent l’imputation. La comptabilité devient plus facile à tenir au fil de l’eau qu’en une fois à la clôture.

Les limites à connaître avant de signer

• Un abonnement permanent : il se paie chaque mois tant que l’entreprise existe, et ses prix évoluent ; calculez le coût sur plusieurs années.

• La dépendance à l’éditeur : un changement de tarif, un rachat ou un arrêt de service s’impose à vous, d’où l’importance de pouvoir exporter vos données.

• La connexion : sans internet, pas d’accès au dossier.

• Les cas atypiques : les outils très automatisés couvrent les statuts courants. Indy, par exemple, ne traite pas encore les sociétés à l’IR ni l’activité agricole : vérifiez votre régime avant de migrer.

Synchronisation bancaire : ce qui relie votre banque au logiciel

La synchronisation fait remonter chaque opération bancaire dans le logiciel, qui la rapproche ensuite d’une facture ou d’un justificatif. Deux techniques coexistent. L’agrégation passe par un prestataire de services d’information sur les comptes, encadré par la directive (UE) 2015/2366 sur les services de paiement : c’est le cas le plus courant. L’EBICS est un protocole d’échange de fichiers proposé par certaines banques ; Tiime, par exemple, accepte les deux.

Pourquoi la connexion bancaire demande une nouvelle validation

Le règlement délégué (UE) 2022/2360 l’impose : l’authentification forte doit être appliquée de nouveau lorsque plus de 180 jours se sont écoulés depuis le dernier accès aux comptes par l’intermédiaire du prestataire. Concrètement, le logiciel vous demande périodiquement de valider la connexion dans l’application de votre banque ; tant que ce n’est pas fait, les opérations ne remontent plus et le rapprochement prend du retard.

Ce qu’il faut vérifier avant de choisir

• Votre banque figure-t-elle dans la liste de l’éditeur ? Indy annonce plus de 300 banques, Odoo 28 000 dans le monde.

• Les cartes à débit différé sont-elles traitées ? Indy indique que oui.

• Le nombre de comptes synchronisés est-il limité par l’offre ? Tiime réserve la synchronisation illimitée à son offre Smart.

Données hébergées chez l’éditeur : sécurité, réversibilité et conservation

Où sont stockées vos écritures

Avec un logiciel en ligne, la comptabilité vit sur les serveurs de l’éditeur. Demandez où ils se trouvent, qui y a accès et quelles certifications couvrent l’hébergement : Zefyr, par exemple, se dit développé et hébergé en France et certifié ISO 27001. La double authentification à la connexion, proposée par Sinao par exemple, limite le risque d’accès frauduleux.

Partir avec ses données : l’export FEC

Le fichier des écritures comptables (FEC) est le format demandé par l’administration : lorsque la comptabilité est tenue sur informatique, l’entreprise satisfait à son obligation en remettant une copie de ces fichiers au début du contrôle. Le défaut de présentation conforme entraîne une amende de 5 000 € ou, en cas de rectification et si le montant est plus élevé, une majoration de 10 % des droits. Les auto-entrepreneurs en sont dispensés. Le FEC sert aussi de porte de sortie : il permet de reprendre l’historique chez un autre éditeur ou chez un cabinet. Vérifiez que l’export est disponible dans votre offre et que vous pouvez aussi télécharger les justificatifs.

Obligation de conservation : garder les pièces après la résiliation

Les livres comptables et les pièces justificatives se conservent 10 ans à partir de la clôture de l’exercice, et les documents soumis au contrôle fiscal 6 ans. Un abonnement résilié ne vous dispense pas de cette obligation : avant de quitter un logiciel en ligne, téléchargez le FEC, les états annuels et les justificatifs de chaque exercice.

Facturation électronique : ce que l’abonnement doit inclure

Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir leurs factures sous forme électronique, et les grandes entreprises et les ETI doivent les émettre ainsi. L’obligation d’émission s’étend aux PME et aux micro-entreprises le 1er septembre 2027. Les factures entre entreprises françaises transitent par une plateforme agréée. Aucun logiciel précis n’est imposé : votre outil doit être relié à une plateforme agréée, et les factures reçues doivent alimenter la comptabilité sans ressaisie.

Plusieurs offres de ce comparatif incluent cette plateforme sans surcoût, comme Indy, Tiime, Evoliz ou Dougs ; Pennylane inclut la facturation électronique dans tous ses plans. Avec un logiciel de comptabilité seul, vérifiez s’il reçoit directement les factures de la plateforme ou s’il faut les importer.

Modules autour de la compta : tableaux de bord, trésorerie, paie et notes de frais

Un logiciel de comptabilité en ligne vend rarement la seule comptabilité. Les modules les plus fréquents sont la facturation, les notes de frais, les immobilisations, le suivi et le prévisionnel de trésorerie, les tableaux de bord et la paie. Leur mode de facturation diffère d’un éditeur à l’autre : Zefyr inclut tout sauf ce qui est télétransmis (bulletins de paie, liasse) ; macompta.fr vend chaque module à part, par exemple les immobilisations à 3,00 € HT par mois et la paie à 24,92 € HT par mois jusqu’à 5 bulletins ; Pennylane réserve le prévisionnel de trésorerie et les notes de frais à son plan Essentiel. Dressez la liste des modules utiles avant de comparer les prix d’entrée.

Choisir sa formule selon votre statut et votre profil

Micro-entrepreneur : un livre des recettes, pas un bilan

Le micro-entrepreneur tient une comptabilité allégée : un livre des recettes encaissées et, pour une activité commerciale, un registre des achats. Une offre gratuite ou d’entrée de gamme suffit souvent (Indy Essentiel, Tiime Free, macompta.fr Simplifiée), et un forfait d’expert-comptable se justifie rarement à ce stade. Le comparatif des logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur détaille ce cas.

Société à l’IS qui tient seule ses comptes

Une société commerciale peut tenir elle-même sa comptabilité et déposer sa liasse. Il faut alors un logiciel qui produit le bilan et télétransmet la TVA et la liasse en EDI : Zefyr, macompta.fr avec le module de déclarations fiscales, Indy Premium ou Pennylane Premium + Module comptable. Prévoyez du temps à la clôture et une bonne maîtrise des écritures d’inventaire (stocks, amortissements, charges à payer).

Société qui garde son cabinet

Si votre expert-comptable produit déjà vos comptes, demandez-lui d’abord quel outil il accepte. Pennylane et Tiime sont conçus pour partager le dossier avec le cabinet, Evoliz pour lui transmettre des exports propres ; le plus simple reste souvent l’outil que votre cabinet utilise lui-même.

TPE ou PME avec un comptable interne

Avec un comptable salarié, l’enjeu devient le nombre d’utilisateurs et la séparation des droits. Sage Active Essentials inclut 10 utilisateurs, macompta.fr 3 utilisateurs, et Zefyr autant d’accès que vous le souhaitez sans supplément ; chez Pennylane, les offres TPE prévoient des utilisateurs « gestion » et des utilisateurs « employés ».

Support et accompagnement : ce que couvre l’abonnement

Avec un logiciel seul, l’assistance porte sur l’outil, pas sur vos choix comptables. Zefyr indique un support assuré par des salariés basés en France ; macompta.fr vend l’assistance téléphonique en option (15,00 € HT par mois pour les logiciels de gestion). Les experts-comptables en ligne incluent du conseil : illimité chez Dougs (experts-comptables, juristes, fiscalistes), par chat et par mail dans l’offre Expertise de Clementine. Pendant l’essai gratuit, posez au support une vraie question de votre dossier : la réponse en dit plus que la fiche produit.

Offres gratuites de comptabilité en ligne : ce qu’elles couvrent

Plusieurs éditeurs proposent une entrée à 0 € : Indy Essentiel, Tiime Free, Sinao Free, et Odoo tant que la comptabilité reste sa seule application. Pour une société, ces offres s’arrêtent en général avant les déclarations : Indy exclut les déclarations fiscales obligatoires de son offre Essentiel, et Sinao Free se limite aux devis et factures. Le comparatif des logiciels de comptabilité gratuits détaille ces limites. Pour un logiciel libre que vous hébergez vous-même, voyez les logiciels de comptabilité open source ; sur Mac, le comparatif des logiciels de comptabilité pour Mac.