L’un des grands avantages de la micro-entreprise reste incontestablement la simplicité de sa comptabilité. Ce qui fait du statut d’auto-entrepreneur l’un des plus adopté par les indépendants ! Cela dit, il reste tout de même quelques obligations comptables à respecter.
Dans cet article, la Fabrique Du net vous explique en quoi la comptabilité des auto-entrepreneurs s’avère particulièrement avantageuse et vous livre les 5 obligations comptables des micro-entrepreneurs.
La comptabilité des auto-entrepreneurs : une comptabilité simplifiée
En effet, contrairement aux autres statuts, les obligations comptables des auto-entreprise sont largement allégées :
- Vous évitez le calcul de la TVA et n’avez pas à la verser avant un certain seuil. De ce fait, avant d’atteindre ce plafond : vous n’êtes ni tenu de calculer la TVA collectée, ni de calculer celle que vous pourriez déduire
- Vous êtes libre de faire la comptabilité de votre auto-entreprise vous même, sans passer par un expert-comptable
- Vous n’êtes pas tenu de communiquer un compte de résultat ou un bilan de fin d’année
En évitant ainsi toutes ces démarches lourdes et chronophages qui en plus peuvent nécessiter un certain niveau de formation, la comptabilité d’auto-entrepreneur est alors largement simplifiée. Cependant, le régime de la micro-entreprise nécessite toutefois quelques contraintes même si elles s’avèrent bien plus accessibles que celles imposées aux autres statuts.
Les 5 obligations comptables des micro-entrepreneurs
#1 Ouvrir un compte bancaire dédié
En tant qu’auto-entrepreneur, vous êtes tenu d’avoir un compte bancaire associé à votre activité. Cependant, contrairement aux idées reçues, il ne doit pas nécessairement s’agir d’un compte professionnel. Ce dernier vous servira notamment à encaisser vos factures, payer les achats liés à votre micro-entreprise ou encore à éventuellement obtenir un emprunt.
Cependant, lorsque votre chiffre d’affaires dépasse 10 000€ durant 2 années consécutives, vous devez obligatoirement ouvrir un compte dédié pour votre entreprise.
Cela dit, notre recommandation est de séparer votre compte personnel et votre compte professionnel dès le début de votre activité pour des raisons d’organisation.
#2 Facturer ses clients
Si la comptabilité d’auto-entrepreneur s’avère facilitée, la facturation en auto-entreprise demeure une nécessité, peu importe votre structure. En effet, vous êtes tenu d’établir des factures à vos clients pour chaque vente ou prestation. Les factures doivent inclure certaines mentions obligatoires telles que :
- L’identité de votre client : nom de la société, adresse du siège social, raison sociale
- Votre identité : nom, prénom, coordonnées professionnelles
- La date d’émission
- La date de livraison ou d’exécution
- Le numéro SIREN de votre entreprise
Vous pouvez toujours utiliser l’un des meilleurs logiciels de facturation gratuits
#3 Répertorier les recettes encaissées
Le livre de recettes encaissées fait partie des obligations comptables des auto-entreprises. Celui-ci liste toutes les recettes encaissées durant votre activité. En format papier ou numérique, il n’existe pas de format spécifique à respecter. Dans tous les cas, nous vous recommandons de bien conserver tous vos justificatifs. En effet, vous êtes tenus de les présenter en cas de contrôle.
Généralement, le livre de recettes se présente sous la forme d’un tableau à 6 colonnes composé de :
- La date d’encaissement
- La référence des pièces justificatives comme les factures et devis
- Le nom du client
- La description de la prestation
- Le montant de la recette perçue
- Le mode de règlement

Vous avez du mal à gérer votre comptabilité ? Ce comparatif des différents logiciels de comptabilité devrait vous être utile !
#4 Tenir un registre des achats
Cette obligation comptable ne concerne pas toutes les micro-entreprises, elle s’adresse aux structures qui vendent des marchandises ou qui proposent des services d’hébergements. Le registre des achats répertorie les achats effectués dans le cadre de votre activité. Vous devez alors le rédiger rigoureusement et soigneusement car vous ne pourrez pas le modifier. Organisé de façon chronologique, il mentionne :
- La date d’achat
- La référence
- L’identité du fournisseur
- La nature de l’achat
- Le montant
- Le mode de paiement
#5 Déclarer votre chiffre d’affaires
Comme les autres chefs d’entreprise, le micro-entrepreneur doit effectuer sa déclaration de chiffre d’affaires. Vous définissez alors cette fréquence à l’ouverture de votre auto-entreprise : tous les mois ou tous les trimestres. Tout manquement ou retard vous expose à 52€ de pénalité.
À noter : la déclaration du chiffre d’affaires pour les auto-entrepreneurs est obligatoire, même si le montant du chiffre d’affaires est nul !
Vous devez faire votre première déclaration de chiffre d’affaires d’auto-entrepreneurs dans les 3 mois maximum après le début de l’activité. Pour cela, il vous suffit de vous rendre sur la section auto-entrepreneurs du site de l’URSAAF et d’indiquer le total des sommes encaissées sur la période donnée. Vous verrez alors s’afficher le montant à payer.

Bien que simplifiée, la comptabilité pour les auto-entrepreneurs reste obligatoire. En effet, vous êtes exposés à un certain nombre d’obligations comptables. Si vous les oubliez ou les effectuez en retard, vous vous confrontez à des pénalités.
Finalement assez peu contraignantes, ces démarches s’avèrent tout à fait accessibles avec de l’organisation, de la rigueur ou encore avec l’utilisation d’un des meilleurs logiciels de comptabilité pour TPE et PME.
Enfin, ces contraintes peuvent en réalité vous aider en vous permettant de structurer davantage votre structure et d’avoir une visibilité claire sur votre rentabilité.
Questions fréquentes
Quelles sont les erreurs de débutants les plus fréquentes en matière de comptabilité pour les auto-entrepreneurs ?
Ce qu’on observe très fréquemment, notamment chez les créateurs qui démarrent seuls, c’est la confusion entre compte personnel et compte professionnel. J’ai souvent vu des auto-entrepreneurs mélanger leurs dépenses, ce qui complique vraiment la tenue du livre des recettes. Autre point : beaucoup oublient de conserver leurs justificatifs (factures, notes) pensant que tout est digitalisé ou que de petites sommes ne sont pas importantes. Résultat : lors d’un contrôle URSSAF ou d’une régularisation, c’est impossible de s’y retrouver. On voit aussi des oublis de déclaration de chiffre d’affaires, souvent par peur de mal faire ou parce que le process sur le portail officiel n’est pas intuitif. À force d’accompagner des auto-entrepreneurs, on constate que l’automatisation (avec des outils comme Freebe ou Shine) aide à réduire ces erreurs, mais il faut aussi une vraie discipline dès le départ.
Est-ce vraiment utile d’utiliser un logiciel de comptabilité quand on débute en micro-entreprise ?
Sur le terrain, la différence est flagrante entre ceux qui s’en remettent uniquement à leurs tableurs et ceux qui investissent, même modestement, dans une solution dédiée. Par exemple, chez un client freelance en service, l’utilisation de Tiime lui a évité de passer des heures à trier ses factures lors de la déclaration trimestrielle. On s’aperçoit aussi que les rappels automatisés sur la TVA ou la CFE préviennent les oublis coûteux. Pour de très petites structures, le papier peut suffire, mais dès qu’on a plusieurs clients ou des prestations récurrentes, le logiciel fait gagner un temps fou et évite le stress des deadlines. Cela permet aussi d’anticiper les cotisations et d’avoir une vision plus claire de la rentabilité réelle, ce qui n’est pas négligeable quand on démarre.
Quels justificatifs faut-il absolument conserver et sous quelle forme pour éviter les problèmes en cas de contrôle ?
Des retours d’expérience, il est primordial de garder toutes les factures émises et reçues, qu’il s’agisse de ventes ou d’achats, même pour de petites sommes. Un client qui travaillait majoritairement à l’étranger a été contrôlé et a eu des soucis parce qu’il n’avait pas archivé certains échanges de mails considérés comme pièces justificatives. Le mieux, c’est de scanner chaque document et de le classer dans un cloud sécurisé (Drive, Dropbox) : ça évite de les perdre et c’est accepté par l’administration depuis quelques années. On recommande toujours de conserver au moins 10 ans tous les justificatifs liés à l’activité. Pour les notes de frais, c’est pareil : même si ce n’est pas déductible en auto-entreprise, il arrive que l’URSSAF réclame la preuve de l’origine de certains mouvements bancaires.
À quel moment faut-il envisager de passer en société au lieu de rester en auto-entrepreneur, du point de vue comptable ?
Beaucoup de clients se posent la question lorsqu’ils approchent les plafonds de chiffre d’affaires ou dès qu’ils souhaitent déduire davantage de charges (ce qui n’est pas possible en auto-entreprise). Typiquement, dès qu’on commence à investir dans du matériel, à embaucher ou à avoir des charges fixes importantes, le régime simplifié montre ses limites. J’ai accompagné des freelances qui dépassaient 70 000 € de CA et, chaque année, vivaient dans la crainte du dépassement – ce qui engendre des régularisations parfois très coûteuses. Passer en EURL ou SASU avec une comptabilité plus classique permet d’amortir le matériel, de récupérer la TVA, et de planifier la fiscalité de façon plus stratégique. Mais il faut prévoir un accompagnement, car la charge administrative augmente nettement.
Quels conseils pratiques donner à ceux qui gèrent eux-mêmes leur comptabilité d’auto-entrepreneur ?
Sur le terrain, les auto-entrepreneurs les plus sereins sont ceux qui ritualisent leur gestion : une matinée par mois pour vérifier leur livre des recettes, envoyer les factures, pointer les paiements et préparer leur déclaration. Ceux qui attendent la dernière minute sont, sans surprise, ceux qui font le plus d’erreurs ou oublient de déclarer. Utiliser des modèles réutilisables pour les factures, conserver un dossier numérique unique, et activer les rappels sur smartphone sont des petits réflexes qui font la différence. On recommande aussi de suivre un mini-module de formation en ligne dès le début ; même une heure de webinaire permet d’éviter les grosses difficultés plus tard. Et surtout, ne jamais hésiter à poser ses questions sur les forums spécialisés ou à un expert-comptable, même pour un doute mineur.