Sur un bulletin établi avec subrogation, les indemnités journalières apparaissent alors que le salarié ne les touche pas. C'est ce décalage qui rend la lecture déroutante, et qui explique la plupart des appels au service paie après un arrêt maladie.
Ce que la subrogation change, en une phrase
Sans subrogation, la caisse verse les indemnités journalières au salarié, l'employeur ne complète que la différence, et le salarié reçoit deux paiements de deux expéditeurs. Avec subrogation, l'employeur verse le salaire maintenu en entier et encaisse les indemnités à la place du salarié.
L'article R323-11 du code de la sécurité sociale la rend automatique dans un cas précis : « Lorsque le salaire est maintenu en totalité, l'employeur est subrogé de plein droit à l'assuré, quelles que soient les clauses du contrat, dans les droits de celui-ci aux indemnités journalières ». Le même texte pose la limite : le salaire maintenu doit être « au moins égal au montant des indemnités dues pour la même période ».
Une précision que les résumés omettent presque toujours : la subrogation ne couvre que la période pendant laquelle le salaire est maintenu, pas l'arrêt entier. Sur les jours où l'employeur ne verse rien, les indemnités repartent au salarié.
Les deux carences qu'il ne faut pas confondre
Deux compteurs tournent en parallèle, et les mélanger fausse tout le bulletin.
Côté sécurité sociale, l'article R323-1 fixe le point de départ de l'indemnité journalière au « quatrième jour de l'incapacité de travail » : les trois premiers jours ne sont pas indemnisés.
Côté employeur, le maintien de salaire obéit à un autre calendrier. Il suppose « une année d'ancienneté » dans l'entreprise et une justification de l'incapacité dans les « quarante-huit heures » (article L1226-1). Et pour une maladie non professionnelle, le délai d'indemnisation « court au-delà de sept jours d'absence », là où un accident du travail ouvre droit dès le premier jour.
Il existe donc, entre le quatrième et le septième jour, une zone où le salarié perçoit des indemnités journalières sans aucun complément de l'employeur.
Combien vaut l'indemnité journalière
Le calcul se fait en deux temps. L'article R323-4 détermine d'abord le revenu d'activité antérieur journalier : « 1/91,25 du montant des trois dernières paies » pour un salaire mensuel. Puis l'indemnité journalière « est égale à la moitié du revenu d'activité antérieur ».
Un plafond s'applique en amont : le revenu retenu ne peut dépasser « 1,4 fois le salaire minimum de croissance » en vigueur le dernier jour du mois civil précédant l'interruption. Ce multiplicateur a changé récemment, et beaucoup de pages en ligne affichent encore l'ancienne valeur : il vaut mieux le vérifier que le recopier.
Un exemple chiffré, ligne par ligne
Prenons un salarié à 2 400 € bruts par mois, trois ans d'ancienneté, en arrêt maladie non professionnel pendant 20 jours calendaires. Les chiffres ci-dessous découlent des règles citées plus haut.
Revenu d'activité antérieur journalier : 3 × 2 400 ÷ 91,25 = 78,90 €. Indemnité journalière : la moitié, soit 39,45 €.
La sécurité sociale indemnise du 4e au 20e jour, soit 17 jours : 670,65 € au total. L'employeur, lui, ne complète qu'à partir du 8e jour, soit 13 jours. Sur ces 13 jours, la rémunération de référence vaut 2 400 × 13 ÷ 30 = 1 040 €, dont 90 % font 936 € de salaire maintenu. Les indemnités correspondantes s'élèvent à 13 × 39,45 = 512,85 €, ce qui laisse 423,15 € à la charge réelle de l'employeur.
Les quatre jours que tout le monde oublie
Dans l'exemple, la sécurité sociale indemnise 17 jours et l'employeur n'en couvre que 13. Restent les jours 4 à 7, soit 157,80 € d'indemnités journalières versées sans aucun maintien en face.
Comme l'employeur ne verse rien sur cette période, la subrogation ne s'y applique pas : ces quatre jours sont payés directement au salarié par la caisse. Un salarié qui compare son relevé bancaire à son bulletin verra donc un versement de la CPAM même en régime de subrogation, ce qui est la source d'incompréhension la plus fréquente.
Ce que le maintien devient quand l'arrêt se prolonge
Le taux de 90 % n'est pas permanent. Il vaut « pendant les trente premiers jours », puis tombe aux « deux tiers de cette même rémunération » pendant les trente jours suivants. L'ancienneté allonge ces durées : elles augmentent de « dix jours par période entière de cinq ans » au-delà de l'année requise.
Une convention collective peut prévoir mieux, et c'est fréquent. Quand elle impose un maintien intégral, la subrogation devient automatique, puisque la condition posée par l'article R323-11 est remplie par construction.
Ce que cela demande à un outil de paie
Cet enchaînement se prête mal au traitement manuel : deux carences distinctes, un taux qui change au trentième jour, des durées qui dépendent de l'ancienneté, un plafond indexé, et des indemnités qui doivent apparaître sans être versées. Chacune de ces règles est simple isolément ; c'est leur combinaison sur un arrêt à cheval sur deux mois qui produit les erreurs.
Trois capacités méritent d'être vérifiées avant de choisir : le calcul automatique des indemnités estimées à partir des trois dernières paies, la gestion séparée des deux carences, et le rapprochement entre les indemnités attendues et celles réellement encaissées, faute de quoi personne ne s'aperçoit qu'une caisse n'a pas payé. Notre comparateur référence 11 logiciels de paie publiés, avec le détail de ce que chacun automatise. Reste le choix de l'outil : notre comparateur en présente les fiches et les avis publiés.
Sources
Code de la sécurité sociale, articles R323-1 et R323-5 (point de départ, moitié du revenu antérieur), article R323-4 (calcul et plafond), article L323-4 (fraction du gain journalier de base) et article R323-11 (subrogation de plein droit). Code du travail, article L1226-1 (ancienneté, indemnité complémentaire) et articles D1226-1 à D1226-3 (taux, majoration d'ancienneté, carence de sept jours). Consultés le 21 août 2026.
Questions fréquentes
La subrogation de l'employeur, c'est quoi ?
Le mécanisme par lequel l'employeur perçoit à la place du salarié les indemnités journalières de la sécurité sociale, en contrepartie du salaire qu'il maintient. Elle est automatique lorsque le salaire est maintenu en totalité.
Les IJSS apparaissent-elles sur le bulletin de paie ?
Avec subrogation, oui, sous forme d'une ligne informative : elles sont mentionnées mais reversées à l'employeur. Sans subrogation, elles n'y figurent pas, la caisse payant le salarié directement.
Comment se calcule l'indemnité journalière ?
On divise le total des trois dernières paies par 91,25 pour obtenir le revenu d'activité antérieur journalier, plafonné à 1,4 fois le SMIC, puis on en retient la moitié.
Pourquoi le salarié reçoit-il quand même un virement de la CPAM ?
Parce que la subrogation ne couvre que les jours où l'employeur maintient le salaire. Entre le quatrième jour, où la sécurité sociale commence à indemniser, et le huitième, où le maintien démarre en maladie non professionnelle, les indemnités reviennent au salarié.
Le maintien de salaire est-il toujours de 90 % ?
Non. Le taux légal est de 90 % pendant les trente premiers jours indemnisés, puis de deux tiers pendant les trente suivants, avec des durées allongées de dix jours par tranche de cinq ans d'ancienneté. Une convention collective peut prévoir davantage.
